1965年12月，中国航海学会委托交通部上海船舶运输科学研究所负责编辑的《中国航海》由人民交通出版社出版。

1966年2月11日在北京召开了筹委会常务会议。同年3月，筹委会在北京西苑大旅社召开了学会工作座谈会。

1966年5月，中国航海学会以及除广州航海学会以外的各地方航海学会筹委会接连被迫停止活动。

1979年3月17日，中国航海学会成立了由交通部部长曾生、海军司令部副参谋长张序三、国家水产总局渔业局局长卓友瞻、交通部科技委主任高原、水运局副局长王志远、国家海洋局科技部部长瞿珍瑞、石油工业部（待定）等7位同志组成的党的领导小组，曾生同志任组长。

1979年4月1日至7日，经中国科协批准，中国航海学会第一次全国会员代表大会在广州召开。

1981年10月21日至28日，中国航海学会召开一届二次理事会，选举时任交通部部长的彭德清同志接替因工作调动的曾生同志任理事长。

1981年，《中国航海史》（古代、近代、现代）三个部分基本完成初稿，史书编撰工作取得重大进展；地方港口史已出版了5册，还开展了《中国港口史》、《长江航运史》、《中国内河航运史》、《招商局史》、《民生公司史》等专史的编写工作。

1982年八九月间，遵照交通部和国务院港澳办的批示，中国航海学会派副理事长周启新同志和常务理事李景森同志前往香港。

1982年7月，与中国造船学会联合召开“节能船型研讨会”。同年10月举行的防止海损事故学术讨论会上，提出了《关于预防海损事故的建议书》。同年11月，中国航海学会在上海举办“国际海上避碰规则（1972）学术研讨会”。

1983年初，学会举行的一届四次常务理事会同意中国航海学会成立“中国航海技术咨询服务公司”，挂靠在交通部科技情报研究所。

1983年5月，经交通部批准，北京市工商管理局核准，注册登记，于1984年逐渐开展咨询业务，经营活动到1988年基本结束。

1983年5月，学会在“航海史研究会年会暨纪念伟大航海家郑和下西洋学术讨论会”上对郑和宝船的尺度、出洋目的、终止原因、航海技术以及航线等问题作了广泛探讨和深入研。

1984年，编写了《2000年航海技术预测》、《中国名人词典（航海部分）》。

1984年，中日航海学会开始双边学术交流。由中方主办的第一次中日航海学会学术交流会于11月在上海举行。1984年，纪念郑和筹委会决定于1985年7月11日在南京召开纪念大会，并建议将每年的7月11日定为中国航海节。

1985年，中国航海学会主办的“纪念中国伟大航海家郑和下西洋580周年大会”在南京举行。

1985年，中国航海学会发起，并协助团中央组织、以中国青年联合会的名义，派“中国青年访日友好之船”访问日本。

1985年，在交通部支持下，中国航海学会成立了“磁罗经校正师（员）考评委员会”，并在上海等6个港口城市成立了磁罗经校正服务。

1984年，“台湾海峡航行安全学术讨论会”提出了《关于保证船舶在台湾海峡安全航行的倡议》。

1985年，学会举办“船舶节能动力装置方案评审会”，推广船舶节能新技术。

1990年2月，交通部清理整顿公司领导小组根据《中共中央、国务院关于进一步清理整顿公司的决定》精神，对“中国航海技术咨询服务公司”审查后下达撤销通知。

1991年4月，经交通部党组批准，中国航海学会二届理事会第十九次理事长办公会议决定成立公司清理小组，并于1993年4月由交通部监察局向交通部党组作了报告，调查、清理工作结束。

1985年元月，学会举行一届六次常务理事会。

1986年10月16日，中国航海学会第二次全国会员代表大会以通讯方式召开，并选举了新一届理事会。

1987年1月10日，中国航海学会在北京召开了一届七次常务理事会和第二次全国会员代表大会主席团联席会议，选举产生第二届理事会。

1988年1月，举行学会二届二次常务理事会扩大会议。

1989年4月，举行二届三次常务理事会扩大会议。

1990年8月，举行二届理事会第十七次理事长办公会议。

1991年，二届二次理事会首次评选“十佳引航员”。

1992年7月1日，中国航海学会第三次全国会员代表大会在北京召开，选举产生由151人组成的第三届理事会。

1993年始，中韩航海学会举办双边学术交流会。

1993年11月，召开学会三届二次常务理事会。

1994年11月，召开学会三届二次理事会。

1994年，中国航海学会主办了“国际航行学会联合会第八届大会”及“国际航海设备及技术展览”。

1995年，中国航海学会推荐航海科研、管理、驾驶，河道港口工程，港口工程规划等领域的7位知名专家，为中国工程院院士候选人。

1995年12月，召开学会三届三次常务理事会。

1995年，中国航海学会及《中国航海》编辑部组织专家学者编写《英汉航海·航运·船舶大词典》，并由人民交通出版社正式出版。

1995年，经交通部纪检监察部门调查核实，给予两人党纪和政纪处分。中国航海学会三届三次常务理事会扩大会议一致通过免去两人在学会的专、兼职职务。

1996年12月10日，中国航海学会第四次全国会员代表大会在北京召开，选举产生168人组成的第四届理事会。

1997年12月，举行四届一次常务理事会。

1997年，中国航海学会推荐轮机工程、航海安全技术、船舶操纵、海洋医学等领域的5位知名专家为中国工程院院士候选人。

1998年，举行四届二次理事会。

1998年，中国航海学会组织评议并推荐6位同志作为第六届中国青年科技奖候选人。

1999年12月8日，举行四届二次常务理事会。

1999年，中国航海学会推荐轮机工程、航海科技领域的2位知名专家、学科带头人为中国工程院院士候选人。

1999年底，中国航海学会被科技部、中央宣传部、中国科协评为“全国科普工作先进集体”。

1999年12月29日，民政部正式批准学会重新注册登记。

2000年11月25日，中国航海学会第五次全国会员代表大会在北京召开

2001年11月，举行五届三次常务理事会。

2002年12月4日，举行五届二次理事会。

2002年，中国航海学会与泉州市人民政府联合召开“泉州港与海上丝绸之路国际学术研讨会”。

2002年，中国航海学会联合交通部海事局召开“长江下游全面安全夜航学术座谈会”。

2002年，举行第五次理事会（扩大）会议。

2003年11月29日，举行五届四次常务理事会。

2004年11月26日，中国航海学会第六次全国会员代表大会在北京召开。

2005年，中国航海学会与交通安全质量管理体系审核中心合资成立北京安通技术咨询服务有限责任公司。

2006年2月，举行学会六届二次常务理事会扩大会议。

2006年，学会分别组团参加了在韩国举行的“中日韩航海学会学术交流会”和“国际航行学会联合会与全球卫星系统大会”。

2006年，“长江下游夜航问题学术座谈会有关情况及建议” 被评为第五届中国科协优秀建议奖一等奖。

2006年7月，学会评出的2005年中国航海科技奖一等奖项目《外高桥集装箱码头建设集成创新技术研究》荣获国家科技进步二等奖。

2006年．学会参与了由中国远洋运输总公司、清华大学等单位的科研项目——“远洋船舶压载水净化和水上溢油应急处理关键技术研究”向科技部申报科技攻关项目的工作，该项目已被正式列入国家“十一五”重点科技项目。学会还担任该科技攻关项目子项目的承办单位之一。

2007年1月，举行学会六届二次理事会扩大会议。

2007年，学会向中国科协申请“技术鉴定职能由政府科技部门转移学会运作试点”工作。

2008年1月，举行六届四次常务理事会扩大会议。

2022年，民政部发布2022年全国性社会组织评估等级公告，中国航海学会被评为4A级全国性社会团体。

中国航海学会的最高权力机构是全国会员代表大会，其职权是：

（一）制定和修改章程；

（二）选举和罢免理事；

（三）审议理事会的工作报告和财务报告；

（四）制定和修改会费标准；

（五）选举或罢免监事；

（六）决定其他重大事项；

（七）决定终止事宜。

理事会是全国会员代表大会闭会期间的执行机构，由全国会员代表大会无记名投票差额选举产生，对全国会员代表大会负责，领导该团体开展日常工作。理事会的职权是：

（一）执行全国会员代表大会的决议；

（二）选举和罢免正、副理事长、秘书长和常务理事；

（三）筹备召开全国会员代表大会；

（四）向全国会员代表大会报告工作、财务状况和其他重大事项；

（五）决定会员的吸收和除名；

（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；

（七）决定副秘书长和各机构主要负责人的聘任；

（八）领导该团体各机构开展工作；

（九）制定学会内部管理制度；

（十）决定名誉职务的设立和人选；

（十一）决定其他重大事项。

据2018年5月中国航海学会官网显示，学会有20个专业委员会、1个秘书处、2个编委会。

据2018年5月中国航海学会官网显示，学会团体会员共有266个，个人会员5千余人。

中国航海学会会员分为个人会员、单位会员。

个人会员：为具有一定航海专业技能、航海专业知识、在该团体的学科领域内具有一定的影响，热心和积极支持该团体工作的人员。个人会员分为资深会员、普通会员、港澳台会员、外籍会员和荣誉会员。

单位会员：从事航海事业并具有一定会员数量、愿意参加该团体活动、支持该团体工作的管理、科研、教学、生产的企事业单位及社会团体。

中国航海学会入会程序

（一）个人会员：由本人提出申请，提交入会申请表或网上注册，经理事会或常务理事会议讨论通过，即成为该团体个人会员。

（二）单位会员：由单位直接向该团体提出申请，填写单位会员入会申请表，经理事会或常务理事会议讨论通过，即成为该团体单位会员。

（三）港澳台会员：经本人申请或个人会员或分支机构推荐，经理事会议或常务理事会议讨论通过，报中国科协备案后，即成为该团体港澳台会员。

（四）外籍会员：经本人申请或个人会员或分支机构推荐，经理事会议或常务理事会议讨论通过，报中国科协备案后，即成为该团体外籍会员。

（五）荣誉会员：由理事长办公会议推荐提名人选，经理事会议或常务理事会议审议通过，即成为该团体荣誉会员。

会员退会应书面通知中国航海学会。

（一）会员如果两年不缴纳会费，或不参加该团体活动并经该团体提示后一年内未能改变者，可视为自动退会，并报理事会备案；

（二）会员退会时应交回个人会员证、单位会员证；

（三）会员退会后再次申请入会的，需重新办理入会手续。

中国航海学会会员享有下列权利：

（一）该团体的选举权、被选举权和表决权（不含外籍会员）；

（二）参加该团体的活动；

（三）获得该团体服务的优先权和优惠权；

（四）对该团体工作的批评建议权和监督权；

（五）入会自愿、退会自由。

会员履行下列义务：

（一）遵守该团体章程，执行该团体的决议；

（二）完成该团体交办的工作；

（三）向该团体反映情况，提供有关信息、资料等；

（四）按该团体章程规定缴纳会费；

（五）维护该团体的合法权益。

中国航海学会的业务范围：

（一）开展航海学术交流，活跃航海学术思想，促进航海学科发展和学术规范，提高航海科技水平，推动航海科技的自主创新；

（二）弘扬航海科学精神，加强航海文化建设，普及航海科学知识，推广先进航海技术和科学管理经验，开展青少年航海科技活动；

（三）承接政府部门委托（转移）事项，组织或参与对国家航海事业发展战略、政策和建议中的重大项目进行决策论证，提出决策建议；

（四）按照规定经政府有关部门批准开展以下工作：

1. 组织、开展航海科技奖、航海青年科技奖评审和奖励工作以及科技成果鉴定工作；

2. 表彰、奖励在航海活动中取得优秀成绩的航海科技工作者、航海院校上船专业的学生，推荐人才。

（五）开展航海产业及其相关领域内的技术咨询、服务、转让和展品展览等工作，促进科学技术成果的转化；

（六）组织航海类继续教育和技术培训，接受委托承担专业技术职务资格评定工作、科技文献和标准的编审工作；

（七）组织编辑出版航海科技书刊、文集，研究与编写中国航海类史书，传播航海科技信息；

（八）组织开展国际航海科技交流活动，促进国际间航海科技合作，发展同国外航海科技团体和科技工作者的友好交往；

（九）充分发挥该团体在航海科技界、学术界、企业界的凝聚优势，发展和加强与港、澳、台地区航海工作者、科技团体及企业界的联系和学术交流；

（十）维护该团体会员的合法权益，反映该团体会员的意愿和要求，举办为该团体会员服务的活动；

（十一）为航海事业的发展、为保证航行安全以及为自身发展的需要，开展其他必要的工作。

中国航海学会的经费来源：

（一）会费；

（二）有关部门和单位对项目或课题的专项资助；

（三）在核准的业务范围内开展活动或服务的收入；

（四）捐赠与政府资助；

（五）利息；

（六）其他合法收入。

中国航海学会学术年会每年组织一次，是中国航海界享有良好声誉的权威性学术交流平台。通过该平台和与其配套的年度航海优秀论文评选、奖励工作，有效促进了全国航海学术活动的繁荣，为中国航海科技进步提供了有力支持，也培养和造就了一批航海科技人才。

2014年11月20日至21日，由中国航海学会主办、大连海事大学承办的2014年中国航海学会学术年会在大连举行。该届年会安排了《我国300米饱和潜水技术创新与应用》主旨报告，展示了航海最新研究与实践成果，引起业内广泛关注。海军大连舰艇学院等单位有关航海通讯导航、安全环保、运输管理等方面的学术论文，得到了与会各方和专家评委的好评。在大会和分会场交流的基础上，有8篇论文获评年度一、二、三等奖。

2015年10月14至15日，由中国航海学会主办、上海海事大学承办的2015年中国航海学会学术年会在上海举办。该届年会共收到论文461篇，有76篇论文获评优秀论文，其中一等奖1篇、二等奖2篇、三等奖6篇，有34篇优秀论文分别在3个分会场进行了交流。

2016年10月19至20日，中国航海学会2016年学术年会在大连召开，大连海事大学具体承办该会议。该届年会共收到上报参选论文462篇，其中评为优秀论文87篇，获得优秀论文奖励的有11篇。

2017年6月6日上午，2017年中国航海学会学术年会的专家论坛在北京国家会议中心学术报告厅举行。

中国航海学会主办《中国航海》和《航海技术》两个期刊。

《中国航海》是Caj-cd规范获奖期刊，被SA科学文摘（英）（2011）、CSCD中国科学引文数据库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（1992年（第一版），1996年（第二版），2000年版，2004年版，2008年版，2011年版，2014年版）等收录。

《航海技术》是北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（1992年（第一版），1996年（第二版），2000年版，2008年版，2011年版）。

2010年11月4日到6日，2010年度中日韩航海交流会在韩国仁川Songdo Convencia举行，会议由韩国航海与港湾学会学会主办，仁川港务局，仁川引航协会等单位协办。

2015年3月30日至31日，中国航海学会应邀派员出席了由台湾地区中华海洋事业协会与台湾海洋大学主办的2015年海峡两岸海上安全暨船舶交通管理研讨会，会议交流内容涉及海上安全、海上交通工程、船舶交通管理等。

2016年11月10至12日，中国航海学会成员出席了2016年中日韩航海学会学术会议，该会议由韩国航海港湾学会承办，在韩国秀水（Yeosu）举行。

中国航海学会科学技术奖是经中华人民共和国科学技术部、国家科学技术奖励工作办公室批准设立的面向全国航海领域及该团体会员的综合性奖项。旨在奖励在全国航海领域科学研究、技术创新与开发、科技成果的推广应用和实现高新技术产业化等方面取得成果或做出突出贡献的单位和个人，鼓励广大科技工作者自主创新的积极性和发挥科技创新对经济社会发展的支撑引领作用。

“中国航海学会科学技术奖”奖励工作由中国航海学会组织实施和管理。

2014年5月，围绕活动日主题，学会将水上人命救助作为科普宣传的重点，责成救助打捞专业委员会具体负责活动的组织协调工作。救助打捞专业委员会在5月10-16日防灾减灾宣传周中，在挂靠单位东海救助局以及航海科普教育基地--中国救捞陈列馆的支持配合下，制作了全国“防灾减灾日知识以及海上客轮逃生常识宣传材料（海难自救守则10条）。

2016年7月9日，中国航海学会、宁波市教育局在中国航海日活动期间举办了以“科普航海知识，再扬丝路风帆，共圆蓝色梦想，建设海洋强国”为主题的全国青少年航海科普知识竞赛。

中国航海学会会徽以蓝、白色为主调。会徽外形为地球，形内CIN是中国航海学会英文缩写。文字造型为航行的船舶。CIN底部四条直线象征四大洋（大西洋、太平洋、印度洋、北冰洋）。会徽整体形似恢宏的航海图，其寓意：中国航海学会凝聚世界航海科技力量，不断推动航海事业向前发展。中国航海学会会徽是在广泛征集的基础上，由中国航海学会一届六次常务理事会（1985年1月）集体选定。

弘扬航海文化，尊重知识、尊重人才；倡导“献身、创新、求实、协作”精神，团结和组织航海科技工作者，坚持党的基本路线，以经济建设为中心，坚持科学技术是第一生产力的指导思想，实施科教兴国、人才强国和可持续发展的战略，深入落实科学发展观，促进航海事业的繁荣和发展，促进航海科学技术人才的成长和提高，促进科学技术与经济的结合，为社会主义物质文明和精神文明建设服务。

2021年12月，入选中国特色创新学会拟支持学会名单。

2022年1月，入选科协系统新媒体科学传播榜。