2013年，上元门站开始大规模主体结构施工；3月中旬，地铁3号线首列车交付；2013年中，过江大盾构盾构机故障，开始了为期约10-13个月的大维修。

2014年1月，过江大盾构机修复工作完成；2月，过江盾构恢复掘进；4月22日，地铁3号线和南京地铁4号线均确认将延伸至新南京北站；7月18日，地铁3号线过江段实现洞通（南新区间隧道暂未贯通）；8月27日，地铁3号线全线洞通（隧道贯通），正线铺轨已完成总量的90%，江宁段和江北段实现“轨通”、“电通”；10月30日，地铁3号线右线短轨通；11月10日，地铁3号线首列车抵达林场；11月11日，地铁3号线江南城中段短轨通；11月12日，进度最慢的上元门站土建顺利封顶；11月14日，地铁3号线右线长轨通；11月20日，南京地铁官方宣布，地铁3号线开通初期不停靠上元门站；11月20日10时18分，地铁3号线全线短轨通；11月30日上午，地铁3号线轨道全线贯通；12月25日22时，林场站—新庄站区间接触网成功送电，这标志着地铁3号线全线电通；12月31日上午，地铁3号线开始不载客试运营。

2015年1月23日，地铁3号线开始用沙袋模拟载客运行；1月30日，地铁3号线顺利通过项目验收；3月1日，南京地铁3号线开始按照正常运营时刻表模拟正式运行，高峰时段将分大小交路运行；3月11日，南京地铁3号线工程通过竣工验收。本次验收主要从南京地铁3号线工程质量、节能环保、建筑结构、车辆、消防、通信、售检票系统等方面进行考察，并对各设备系统的联调联试及试运行中的工作状况进行考察；3月22日，南京地铁3号线工程通过试运营基本条件评审。至此，南京地铁3号线工程已按照国家基本建设程序要求，完成并通过了所有的验收及评审等工作；3月29日至30日，南京地铁官方微博举行试乘活动，获得试乘资格的市民可以凭券进站乘车观光；4月1日6时，南京地铁3号线正式通车运营，上元门站暂不开通；10月18日，上元门站正式开通使用。

● 三期工程

2015年5月，《南京市城市轨道交通建设规划（2015—2020年）》获得国家发改委批复，其中包括地铁3号线三期工程；6月15日，南京地铁3号线三期工程勘察、设计类项目招标咨询（DS7-XY01-01标）事务开始招标；11月5日，南京地铁3号线三期工程可行性研究、勘察及设计总承包项目、勘察设计审查、岩土工程咨询等相关事务开始招标。

2016年1月27日，南京地铁3号线三期环境影响评价报告开始招标；9月，地铁3号线规划将延伸至南京北站；10月11日，南京地铁3号线三期工程环境影响评价第一次公示；12月27日，南京地铁3号线三期工程环境影响评价第二次公示。

2018年12月13日，南京地铁3号线三期工程环境影响评价全本公示。

2019年1月14日，南京地铁3号线三期工程环境影响评价报告获得市环保局批复。

2021年1月14日，南京地铁3号线三期工程可行性研究报告获得省发改委批复；5月21日，秣周东路站～上秦淮西站明挖区间开始围挡施工；10月16日凌晨2时，秣周东路～上秦淮西区间明挖段围护结构完工；11月5日10时，上秦淮西站完成交通导改；11月21日，上秦淮西站正式开工。与此同时，秣周东路站～上秦淮西站区间明挖段从围护结构施工阶段过渡至基坑开挖阶段。

2022年1月13日，上秦淮西站围护结构完工；5月31日下午，地铁3号线三期工程首台盾构在秣周东路站～上秦淮西站区间右线始发；7月15日，秣周东路站～上秦淮西站区间左线盾构始发；8月19日，秣陵站完成一期交通导改；12月14日，上秦淮西站主体结构封顶；12月24日上午，秣周东路站～上秦淮西站区间右线盾构贯通。

2023年2月4日，秣陵站一期主体围护结构开工；2月27日，秣周东路站～上秦淮西站区间左线盾构贯通；2月28日，秣陵站完成一期地连墙施工，进入冠梁支撑及基坑开挖施工阶段；2月28日，上秦淮西站～秣陵站区间右线盾构始发；截至3月底，地铁3号线三期工程2座车站均已开工，其中上秦淮西站完成主体结构，明挖段完成主体结构；4条盾构隧道全部始发，其中2条贯通。5月24日，市交通运输局发布《关于征求南京地铁3号线三期、4号线二期、11号线一期车站拟命名方案意见的公示》，地铁3号线三期车站拟命名为上秦淮西站、秣陵站；8月10日，上秦淮西站～秣陵站区间右线盾构贯通；8月16日，市民政局公布地铁3号线三期工程车站正式名称，为上秦淮西站、秣陵站；9月10日，上秦淮西站～秣陵站区间左线盾构贯通。这标志着地铁3号线三期工程全线洞通；截至8月，2座车站均已开工，其中上秦淮西站完成主体结构，秣陵站完成一期主体结构。明挖段完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通；9月26日，地铁3号线三期工程开始铺轨。截至2023年9月，2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成一期围护结构和主体结构。明挖段完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通，部分区段开始轨道铺设施工。截至11月，南京地铁3号线三期2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成一期围护结构和主体结构。截至12月底，南京地铁3号线三期明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开始轨道铺设施工及车站安装工程施工。

截至2024年1月底，南京地铁3号线三期2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成围护结构和一期主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开始轨道铺设施工及车站安装工程施工。

截至2024年4月，续建3号线三期。2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成围护结构和一期主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开展轨道铺设施工及车站安装工程施工。

2024年5月16日，江苏省发改委就南京地铁三期相关咨询做了回复：“南京地铁三期建设规划已于4月初报至我委。南京地铁三期建设规划由南京市制作。”根据流程，通过江苏省发改委批复后，三期规划将正式递交国家发改委，进行最后审批工作。

截至2024年5月，续建3号线三期，2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成围护结构和一期主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开展轨道铺设施工及车站安装工程施工。7月，南京地铁3号线三期秣陵街道站全面封底。

截至2024年7月，续建3号线三期，2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成围护结构和一期主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开展轨道铺设施工及车站安装工程施工。8月30日，3号线三期秣陵站完成最后一块顶板浇筑，3号线三期主体结构全面封顶。

截至2024年8月，续建3号线三期，车站已完成所有围护结构和主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开展轨道铺设施工及车站安装工程施工。

● 四期工程

2022年10月27日，南京地铁3号线四期工程预可行性研究报告开始招标。

2024年5月27日，极目新闻报道称，3号线四期工程线路起于南京北站枢纽西南侧的琥珀泉站，至3号线林场站-星火路站区间高架段，全长约 7.0km，其中高架段约1.05km，地下段约5.95km; 设站4座，新建停车场一座。6月，2座车站均已开工，和风路站完成围护结构和主体结构，秣陵街道站完成围护结构和一期主体结构。明挖区间完成主体结构，4条盾构隧道全部始发并贯通。部分区段开展轨道铺设施工及车站安装工程施工。

南京地铁3号线自京沪铁路林场站，沿原规划京沪高速铁路北线方案南行，上跨宁合公路后，于泰冯路站与地铁S8号线交叉换乘。线路南下穿长江到上元门后，沿中央北路布置，至南京火车站与地铁1、9号线换乘。过南京站后线路南拐，先后下穿沪宁城际铁路、京沪普铁、新庄立交桥、玄武湖，过北京东路后，沿太平北路、太平南路南行；穿夫子庙后沿江宁路、土城头路布设，穿过卡子门立交桥后，线路沿宁溧公路南行，于丁墙路以南，欧倍得超市与麦德隆商场间向西转，垂直穿过京沪高速铁路，并结合高速铁路客站设本线南京南站，之后线路进入江宁区利源北路、利源中路和苏源大道南行，在九龙湖广场向东折行，沿清水亭西路布设，过九龙湖站后向南折行，沿双龙大道布设，至双龙大道与秣周东路交叉路口设终点站。

3号线三期工程北起已建成的秣周东路站（不含），沿现状双龙大道西侧向南延伸，从云台山河桥西侧下穿云台山河后拐至现状双龙大道下方，在双龙大道与和风路交叉口设上秦淮西站，车站为地下二层岛式车站。出站后线路沿双龙大道继续向南敷设，在双龙大道与正方大道交叉口设置终点秣陵站，为地下二层岛式车站，站后设 4 根停车折返线。

南京地铁3号线采用大小交路混跑的运行模式，大交路从林场站到秣周东路站，单趟运营时间为72分钟，小交路从林场站到胜太西路站，单趟运营时间为57分钟。

地铁3号线开通首日截至9:00，3号线全线进站客流37789人，柳洲东路站进站客流为全线最高，达8295人。地铁3号线江北段客流早高峰比1号线和2号线提前约15分钟左右，主要集中在柳洲东路站、天润城站和泰冯路站。由于3号线的通车，S8号线结束“孤线”运营，截至11:00，宁天城际线客流增幅达到112%。截至当天16:00，地铁3号线进站客流为115301人（不含南京南站）。

2015年4月1日，地铁3号线开通首日客流为40.7万人次，是南京地铁历史上新线路开通首日所达到的最高客运量。随着3号线的开通，宁天城际线同步连入线网，结束了8个月的孤线运营状态，4月1日宁天城际线的客流增幅与上周同期相比达到204%。同时，4月1日起，整个线网的换乘效率和连通度得到极大提升，地铁网络化运营的客流拉动效应开始凸显。在3号线“助力”之下，南京地铁全线网客运量达到211.1万，刷新了2014年12月31日创造的198.89万客运量的历史纪录。2015年4月3日，南京地铁全线网客运量达到251.73万，短期内刷新了4月1日3号线开通首日创造的211.1万客运量的历史记录。

地铁3号线开通6天日均客流为43.9万人次（分别为40.7、36、50.3、48.2、41.5、46.5），2015年4月3日，地铁3号线客流达50.3万人次。2015年4月11日，地铁3号线客流达54.2万人次。2015年4月30日，地铁3号线客流达56.9万人次。

2015年5月1日，地铁3号线客流达62.8万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2015年12月31日，地铁3号线客流达71.6万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2016年3月19日，地铁3号线客流达73.4万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2016年4月29日，地铁3号线客流达73.8万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2016年9月30日，地铁3号线客流达74.9万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2016年12月31日，地铁3号线客流达76万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2017年3月10日，地铁3号线客流达78.6万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2017年3月17日，地铁3号线客流达79.2万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2017年4月1日，地铁3号线客流达86.7万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2017年4月28日，地铁3号线客流达88.6万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2018年3月23日，地铁3号线客流达92.8万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2018年3月24日，地铁3号线客流达96.83万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2018年9月30日，地铁3号线客流达101.07万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2019年3月23日，地铁3号线客流达104.8万人次，是在此之前的最高单日线路客运量。

2019年5月1日，南京地铁3号线客运量再创新高，达106.2万人次，为最高单日线路客运量。

南京地铁3号线采用宽体鼓形A型地铁列车，行走制式为钢轮钢轨，轨距为1.435米，采用4动2拖方式编组，共配车46列276辆（截至2018年底）。每一列车有6节编组，每节长24.4米、宽3.2米、高3.8米，每节车厢每侧各5扇塞拉式车门，单节载客量310人，整列载客量1860人，最高运行时速80千米/时。车身颜色为绿色主色调、白色裙边、黑色窗框勾边。

南京地铁3号线列车为铝合金全焊接鼓形车体，内部空间比1号线和2号线的A型车更大。列车由南京南车浦镇城轨车辆、新誉集团、庞巴迪运输瑞典有限公司联合体合作生产，其中南京南车浦镇负责整车制造，新誉集团及庞巴迪运输瑞典有限公司联合体提供车辆牵引、辅助和控制系统设备，合同总价21.45亿元。

1.南京地铁3号线列车为银色、绿色相间，车头部位的车窗处和车头灯处为黑色，车侧面印有南京地铁大梅花标识。

2.南京地铁3号线车头为整体玻璃钢结构，采用“笑脸”的造型，并将前脸凸起，配合头部红色，使微笑更加形象、生动，体现了和谐的主题。

3.南京地铁3号线列车的两侧均向外凸出，这是“鼓”造型，做这样的设计，主要是为了增加客室空间，提高乘客舒适度。原因是南京地铁3号线列车的座椅靠背都是有“角度”的，而不像南京地铁1号线、南京地铁2号线地铁里的椅子，靠背是直的。

4.每列车的制冷量为四级可调，司机室有工作模式选择和温度选择，司机可以根据载客量来调节温度。

5.在车轮上增加降噪环，有效降低列车过弯道时，轮轨摩擦产生的噪音，过弯道依然是轮缘喷嘴喷油。

6.南京地铁3号线列车采用的是LED暖色调照明。LED照明节能环保，光线模拟室外光，让车厢显得更敞亮、明净。

7.安全方面，首先安全门设计为可关三次，每次施加的压力不一样，逐渐增大，一开始是150N，后来逐渐增加到300N，这就提醒往里挤的乘客，不能再上车了。

历经四年辛勤建设，南京移动在地铁3号线正式开通之前已完成了该线路2/3/4G网络全线覆盖，为乘坐三号线出行的市民提供优质的移动通信网络服务。南京移动投资3千万元，共计建设室分2G站点35个、3/4G站点49个。经测试，在三号线轨行区、站台内，移动4G网络平均下载速率可达40Mbps。市民可通过手机等终端，在3号线全程享受移动4G飞速上网的乐趣。

由于3号线过江隧道长，大型通讯机柜设备只能布放在长江两侧。针对该特殊场景，南京移动采用RRU设备拉远、增强输出功率等方法，确保乘客使用感知。据现场测试，即使在江底3号线隧道内，移动4G下行速率仍可达到30Mbps以上。

随着南京地铁线路的不断延展，南京移动也紧随地铁施工进度同步开展通信网络建设工作。截至2015年4月，移动4G网络已先后覆盖地铁1、2、3、10号线、S1号线和S8号线6条地铁线路，以最优质的移动4G网络服务广大市民。

充值网点：南京站、南京南站（充值时间为：8:00-11:00；11:30-18:30）

综合业务点：天润城站、南京林业大学·新庄站、卡子门站（服务时间为：8:00-11:30；12:00-17:30）

自助营业机：泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、五塘广场站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、夫子庙站、南京南站、胜太西路站（服务时间为：0:00-24:00）

注：充值网点提供充值服务和购买充值卡服务；综合服务点提供充值、售卡、学生卡办理和年检、过期卡激活、记名卡挂失、市民卡开卡等业务。

地铁3号线穿越城区南北且要过长江，因此，南京地铁3号线的建设难度，在南京地铁建设史上是前所未有的。南京地铁3号线建设遭遇的三大难题：

第一个难题地质难题，地铁3号线是过江线路，不仅要穿越长江还要下穿玄武湖和内外秦淮河；在城区北部穿越岗谷地和岩溶区，线路经过的长江底卧有卵砾石层，线路上存有多处断裂带和断层等，繁琐的水文地质情形将成为南京地铁建设的一大难题。

第二个难题是与国铁相交，南京地铁3号线将有多处与国铁线路相交，包括南京站的京沪线大动脉，与玄武湖隧道、新庄立交、宁溧路高架和杆管线的聚合地域等大宗市政道路和设施交汇。

第三个难题是线路经过之处对相关文物的保护，地铁3号线穿越南京老城南、夫子庙等文物单位，地铁3号线还将两次穿越明城墙，如何保护这些国家级、省市级文物单位，在城墙中的区域将碰到古河道、淤泥质黏土，也是个土建建设方面的难题。

南京地铁每条线路都有独特的代表色，3号线的代表色为薄绿色，在此前3号线“笑脸车”露面后，市民又把3号线列车亲切地称为“小绿”。

在地铁3号线车站内，不仅有作为标识色的绿色。在地理位置处于江北、江宁的车站中，装修风格上还大量运用了黑、白、灰三种色调，例如在九龙湖站，车站的立柱便是白色为底色，灰色勾勒出边框。

江南建筑物的色彩多以和谐淡雅为基调，黑、白、灰是江南民居中一贯出现的色调。在位于江北、江宁的车站使用黑、白、灰作为装饰色，突出南京中的江南元素。位于城中的车站，车站立柱上的边框则由金色勾勒，为主城区车站增添金色的色调，也让车站浸染在作为六朝古都的南京的儒雅气质中。

地铁3号线车站艺术墙在甄选《红楼梦》中场景时，讲究挑选广大地铁乘客耳熟能详、有代表性的经典章节，以达到雅俗共赏。在为地铁3号线选择主题时，发生在秦淮河畔的《桃花扇》曾是备选方案之一。但是，地铁作为一项公共交通工具，考虑到作品的雅俗共享性，最终敲定了更被大众熟知的古典名著《红楼梦》为文化主题。

车站选用的场景是《红楼梦》中老百姓耳熟能详的经典场景，既具代表性，又符合雅俗共赏的特点，在内容上，也摒弃了书中悲剧性的情节。艺术墙重现的虽然均为《红楼梦》中的经典场景，但风格十分多变，有些甚至打破了人们心中对经典的一贯印象。

为让乘客更加身临其境地感受到红楼气息，在部分艺术墙的场景设计上，特意与站点的地理环境相契合。9个场景对应9个站点，场景和站点间的联系也是别有新意的：如“南京站”对应“元春省亲”，其实有这样一种意味——南京站里迎来送往，节假日里欢迎着或者送别着归家的人，南京站里的悲欢离合就是一部人生大戏。而《红楼梦》里“元妃省亲”讲的就是元妃荣归故里，合家团圆的盛景。把这一幕放在南京站，暗合“欢迎回家”的寓意。

2015年4月1日上午，南京地铁3号线开通首日，演员在南京地铁3号线大行宫站的“金陵十二钗”艺术墙前为乘客表演越剧《红楼梦》。

2015年4月20日下午，江苏省演艺集团昆剧院的优秀青年演员张争耀、蔡晨成、徐思佳，分饰《红楼梦》中的经典人物：贾宝玉、林黛玉、薛宝钗，表演昆曲《红楼梦》中《读曲》和《识锁》两个精彩片段。下午2：30，地铁3号线首列昆曲主题列车驶进大行宫站，昆曲《红楼梦》里的宝玉、黛玉、宝钗一起走进站台，坐上了昆曲主题列车。

2015年8月，南京地铁运营十周年系列活动暨星期广播文化沙龙，将南京白局、京剧、锡剧等传统文化引进车厢，乘客可边乘车边看戏。8月14日，曲艺专场的吆喝和南京白局在大行宫站表演；8月15日，紧邻南京儿童医院的珠江路站上演儿童剧。

南京地铁3号线三期工程北起秣周东路站（已建），沿双龙大道向南，下穿云台山河后继续沿路向南至正方大道，设上秦淮西站和秣陵站，全长约3.33千米，投资33.7亿元，已于2021年5月正式开工，预计2025年建成通车。

2023年12月6日消息，为配合南京北站等工程建设，江北交通格局将陆续进行优化调整，地铁3号线林场站或将拆除重建，铁路林场站亦是如此。

南京地铁3号线建成后将成为南京继1号线后又一条南北向客流骨干线路，其贯穿大江南北，连接江南主城、江北新区新主城和东山片区，加强了主城内部之间的连接，构成了都市发展区的南北城市轴。连接南京南站、南京火车站等最重要的对外交通枢纽，更为重要的是它与11条地铁线路相互换乘，对稳定南京轨道交通线网起着重要作用。地铁3号线北段服务跨江客流，南段为沟通南站片区和东山片区与主城核心区间的客流走廊，缓解南京城市中心区的交通压力。

南京地铁3号线开通后，往来江北、江南将更加便捷，企业用人成本也会随之降低。不仅降低了江北企业的用人成本，对江北新区的发展，也将起到促进作用。地铁3号线开通，不仅解决了交通问题，更重要的，是加快了高新区“产城一体化”的进程。化工园区入驻的企业大多都是生产性工厂，虽然规模较大，但是附加值相对较低。地铁三号线开通后，园区将和多家企业总部洽谈，将企业的区域总部与功能性机构引导进来，打造更高附加值的经济发展模式。

南京地铁3号线是全国首条严格按照《城市轨道交通建设工程验收管理暂行办法》（建质〔2014〕42号）组织项目验收的线路，验收过程中，南京市轨道站对本次项目验收依法予以监督。通过项目验收后，各参建单位还将按照验收委员会意见抓紧做好缓建、缓验项目的扫尾和验收，并在试运行期间继续深化系统联调联试工作。