尼雅遗址位于尼雅河末端已被黄沙埋没的一片古绿洲上，在古尼雅河谷的沙丘链之间，以佛塔为中心，呈带状南北延伸25千米，东西扩展5至7千米。在这片狭长的区域内，散布着规模不等、残存程度不一的众多房屋、场院、墓地、佛塔、佛寺、田地、果园、畜圈、渠系、池塘、陶窑和冶炼遗址等。房屋建筑为锁、榫卯结构，大多有地梁，地梁一般选用粗大的胡杨树粗砍为方木，或只将圆木一面砍平，平铺于地面上，作为房屋的基础。地梁向上的一面每隔1.5至2.5米左右凿有方形榫孔，用来安装壁柱，壁柱上方再接横梁，如此构建一个完整的框架，再以红柳、芦苇等编成笆墙，固定于壁柱之上，就是一座结实的木屋。已经发现的各类遗址多达70处以上。

尼雅遗址发现有房屋、场院、墓地、佛塔、佛寺、田地、果园、畜圈、河渠、陶窑、冶炼遗址等遗迹。出土大量汉文、法卢文简牍及木器、铜器、铁器、陶器、石器、汉锦、毛织物、汉镜、五铢钱、“司禾府印”“鄯善郡尉”印范等。此外，还发现炼铁遗留的烧结物和炭渣。

“五星出东方利中国”锦护臂出自精绝王子墓中，被誉为20世纪中国考古最伟大的发现之一。此锦在缭绕的云气骨架中，穿插中国传统天文星占的占辞——“五星出东方利中国”小篆文字、圆圈纹表现的“五星”图案，以及凤凰、鸾鸟、麒麟、白虎等祥禽瑞兽。织造采用白、青、黑、赤、黄五色经丝，花纹流畅自如，极为华丽，代表了汉代织锦技术的最高水平。五色、“五星”，体现汉代阴阳五行思想。以此铭文锦为护臂，反映出精绝王族对中华文化的推崇与认同。

作为汉晋时期丝绸之路上的重镇，来自中原王朝的丝织物在尼雅地区、尤其是贵族当中十分流行。图是尼雅墓葬中出土的一具男尸，根据墓葬形式及出土文物推测，很可能是精绝王。他身上衣物均为绣有汉字的织锦，上身为“安乐绣”“宜子孙”，下身为“葆子孙”。这些汉字用意吉祥，体现了汉文化的影响力和精绝王的美好愿景。

尼雅遗址地处丝路要冲的精绝，是一个开放的城邦，发挥着贸易中转站的作用。在尼雅遗址出土文物中，除了中原的丝绸外，还有铜镜、漆器，也有中亚、南亚和东南亚地区的毛织品、珊瑚、海贝、玻璃、玛瑙，以及罗马的料珠。

尼雅丰富的遗存，从不同侧面反映了精绝城邦社会生活的各个方面，揭示出西域绿洲与中原地区的密切联系，再现了丝路多元文化交汇、融合的盛况。

尼雅遗址发现大量汉简以及佉卢文木简。尼雅出土“仓颉篇”简文，与中原地区通用的识字课本《仓颉篇》一致。当时使者往来、朝贡、丝路贸易等活动频繁，西域绿洲城邦均设有专管翻译的部门和官员。

尼雅房屋建筑流行塔里木盆地常见的木骨泥墙结构。建筑构件工艺考究，有汉式的斗拱、雕花窗格，还有中亚犍陀罗风格的木托架、雕花门框等。一些木制家具工艺精细，显示当地木器制造的发达。

尼雅佛寺同样是当地的木骨泥墙建筑，其布局则与中亚贵霜时期寺院相似。佛教木雕和壁画艺术深受犍陀罗艺术影响。

中原的锦绣绫罗在精绝王及贵族的生活用品中应用普遍，衣、裤、鞋、帽、头巾、手套、香囊、枕头、覆面等使用丝绸做面料的，比比皆是。除此之外，他们的服饰面料还有来自中亚西亚一带精纺的高档毛布。

据考古资料介绍，最早将尼雅发掘并命名的是英国籍匈牙利人斯坦因。他跟斯文赫定等西方探险家一样，在西方当时流行的考古探险热潮推动下，开始其中亚考古探险的旅程。清光绪二十七年（1901年）1月，他找到了尼雅，并将此遗址命名为“NIYASITE”（即尼雅遗址）。

清光绪二十六年（1900年），一位名叫斯坦因（M.A.Stein，1862年~1943年）的英国考古学家，从印度经过克什米尔地区进入新疆塔克拉玛干沙漠，开始第一次中亚探险，从此揭开了精绝古城发现的序幕。

清光绪二十七年（1901年）1月，他和探险队结束了第一次探险，来到了尼雅河绿洲。

斯坦因的一位名叫哈桑阿洪的驮夫在“巴扎”上闲逛的时候，偶然发现了一个名叫伊不拉欣的当地农民从北方沙漠里带回来的两块写有字迹的木板。当他们把这些木板拿给斯坦因看的时候，精通八国语言、极具语言天赋的斯坦因立马认出，这些歪歪扭扭的文字，正是一种叫作佉卢文的印度古文字。

佉卢文在古代，尤其是在秦汉时期，佉卢文是一种在中亚地区广为流通的文字。佉卢文最早的遗迹，是印度孔雀王朝阿育王统治犍陀罗（中心在巴基斯坦北部的白沙瓦地区）时颁布的摩崖法敕。到了公元一世纪左右，当时的古印度贵霜王朝国力强盛，佉卢文作为一种文化符号，迅速渗透到了丝绸之路的各个角落，成为当时流行的通商文字和佛教文字，还一度流传到了当时的洛阳。

斯坦因买下了这两块木板，并不失时机地邀请伊不拉欣当他们的向导，并且保证，如果他能够把他们顺利带到发现木板的地方，就可以得到一笔优厚的报酬。连续几天的艰难跋涉，探险队经过了红柳树与野白杨林地带，路过了一个个专为礼拜者设置的避荫之所，穿过了一望无垠的低沙丘，终于在一片地势较为开阔的地带，见到了伊不拉欣之前捡到木简的地方。发现这里应该曾是一个古人的居所。因为年代久远，房屋内堆满了沙子，远远望去，就像是一座隆起的小台地。令人惊讶的是，这里所有的东西似乎都保持着原先的模样：房屋的立柱、门板、窗户，甚至屋外的栏杆，都摆在当年的位置，安然无恙；屋内的一些生活用品，比如陶器、铜镜、钱币等，也都摆放得整整齐齐。更让人震惊的是，居所的储藏室里竟然堆放着厚厚的谷子，细细瞧的话，还能看到谷子上金黄色的绒毛。而斯坦因此行主要的目标——佉卢文书，一整叠一整叠地摆放在屋内的墙壁旁。

斯坦因花了半个月时间，满满十几大箱子文物，全部运回了英国伦敦，其中就包含595件佉卢文木牍和汉简、皮革文书。除此之外，斯坦因还带走了数量巨大的木、铜、陶、金、玻璃器和纺织品等遗物。

因为这片废墟位于尼雅河畔，斯坦因把它命名为“尼雅遗址”。

1962年，尼雅遗址被定为新疆维吾尔自治区重点文物保护单位。

1996年11月20日，尼雅遗址被中华人民共和国国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。

尼雅遗址位于新疆维吾尔自治区和田地区民丰县红旗村以北20千米的沙漠中。

1、进入尼雅可以尼雅乡为大本营，天一亮从村子里出发，当天可以返回尼雅村住宿，如此可省去搭建野外营地的麻烦或露宿沙漠的艰苦。

2、从尼雅乡进入尼雅遗址路况皆为沙丘土洼，须使用四驱越野车。

3、秋天进入尼雅遗址较合适，春天风沙多，夏天酷热，冬天偏冷。

2021年10月，尼雅遗址入选“百年百大考古发现”名单。