顺治六年（1649年）五月初八日，仁祖病危，李淏非常悲痛，差点咬断左手手指，幸得麟坪大君李㴭相救而没有断骨，随后仁祖升遐，李淏于五月十三日即位于昌德宫仁政门，是为孝宗。清廷派遣户部启心郎布丹、侍卫撒尔岱携诰命、冕服等物前往朝鲜，于九月初七日正式册封孝宗为朝鲜国王。

孝宗继位之初，朝中掌权的西人党分为四党，分别是洛兴府院君金自点为首的洛党、原平府院君元斗杓为首的原党（以上由勋西派分化而来）、金集等“山林”儒者势力为首的山党和金堉等汉城政界官僚为首的汉党（以上由清西派分化而来）。其中势力最强的是洛党。孝宗即位后，起用山党人士，任命金集为礼曹参判、大司宪，宋浚吉为司宪府执义，宋时烈为司宪府掌令，还召见了已经隐居的斥和派重臣金尚宪，展现了与仁祖朝迥然不同的气象。另一方面，山党对仁祖反正功臣势力的弹劾也开始了，金自点被流放，元斗杓被罢官。其后山党和汉党又围绕实施大同法和选拔人才的问题而产生矛盾，孝宗选择支持金堉为首的主张大同法的汉党，其深层次原因可能在于山党想给愍怀嫔翻案，危及孝宗的王权合法性。到顺治七年（1650年）二月，金尚宪、金集、宋浚吉、宋时烈等山党人士全部离开朝廷。

另一方面，孝宗在对清关系上也进行调整。仁祖末年，金自点为首的亲清派洛党专权，强制要求所有场合使用清朝年号。孝宗继位后，接受弘文馆应教赵赟之建议，不在仁祖玉册、志石中写入清朝年号，传递出反清的信号。另一方面，他开始酝酿“北伐论”，计划配合中原反清势力，武力推翻清朝，恢复明朝，并一雪丁丑下城之耻。他即位后，有空就在昌德宫后苑练习骑射功夫，操练青龙刀、铁铸大椎等兵器，并求将才若渴。他曾在经筵中强调汉武帝能雪平城之耻，故优于汉文帝，由于在儒家史观中，汉文帝的评价高于汉武帝，所以他的这席话遭到在场儒臣的反对，但也有人悟出了“北伐”的深意，如宋时烈在顺治六年（1649年）八月所上封事中提出“修政事以攘夷狄”的主张，就是对孝宗“北伐论”的回应。

金自点被流放后，其心腹译官李馨长密告清朝，称孝宗罢黜亲清旧臣、起用斥和士人，并密谋反清，还送去了不写清朝年号的仁祖长陵志文文本作为证据。恰好此时孝宗上奏汇报“倭情”，请求允许朝鲜修筑城池、训练士兵来防备日本，同时又请求将漂流汉人船只送到倭馆，惹恼了清朝。清摄政王多尔衮派祁充格等六名使臣去敲打朝鲜，是为顺治七年（1650年）春的六使诘责事件。史载当时“人情震惧”、“朝野汹汹”，传言清兵压境，孝宗听说后也“大惊忧，达夜不寐”。他起用已被罢官的元斗杓为远接使，领议政李景奭也自告奋勇，前去义州侦察情况。结果清使雷声大雨点小，只问了筑城一事，最后以李景奭和撰写“倭情”奏文的赵䌹被流放白马山城了结。清使还顺便为多尔衮提亲，孝宗遂以王族锦林君李恺胤之女为自己的义女，封为义顺公主，嫁给多尔衮。一场外交危机得以化解。

顺治八年（1651年）十一月，仁祖后宫赵氏诅咒案东窗事发，孝宗趁机挖出了金自点为首的阴谋集团，粉碎了他们的未遂政变。金自点从流放地光阳押赴汉城，凌迟处死，废贵人赵氏被赐死，孝宗由此巩固了王权。孝宗以汉党金堉、郑太和轮流为领议政，主导政局，同时辅以原党及南人的势力，这一政治格局维持到孝宗末年。

孝宗稳固了权力以后，为了实现北伐目标，积极扩军练兵，充实财政与军备，实行了推刷奴婢、营将制等政策，但收效不大。更严峻的现实是在小冰河期的环境下，孝宗统治下的朝鲜天灾频仍，连续六七年粮食歉收，引发饥荒，到顺治十五年（1658年）更是到了“风旱饥馑，近古所无”的地步。同时，他以北伐为目标的财政与军事计划不仅难以落实，也遭到大多数大臣的反对。顺治十二年（1655年）孝宗为慈懿王大妃赵氏（庄烈王后）营建万寿殿时，曾召见了一些家属死于丙子胡乱的大臣，稍微透露北伐之意，但都“皆邈然无以为意”。因此，孝宗后期经常叹息“日暮道远”，流露出深深的挫败感。

顺治十五年（1658年），孝宗所倚重的能臣金堉病重，九月去世。孝宗对于其他重臣不甚满意，认为元斗杓“不无其才，而气质素欠从容，似难为精细之事”，沈之源“贤而无才”，李厚源“多病不出”，郑太和虽然“有智有虑识事务”，但“不欲担当重事”。所以在当年九月，孝宗重新起用宋时烈、宋浚吉等“山党”士人，提拔宋时烈为吏曹判书，宋浚吉为大司宪，后擢为兵曹判书。顺治十六年（1659年）三月十一日，孝宗单独召见宋时烈于昌德宫熙政堂，和盘托出他北伐的抱负。孝宗自信“熟知彼中形势及山川道里”，因此对清朝没有“畏慑之心”。他的北伐论是建立在“满清崩溃论”的基础上，即他判断“彼虏有必亡之势”，依据如下：

他认为北伐的可行性在于：

因此，孝宗计划在十年内培养精锐鸟铳兵10万人，等待清朝内乱，然后出兵直抵山海关外，强调“大概今日事，于吾身不能有为，则将不能有为矣”，并认为大臣们都反对北伐，只有宋时烈才是唯一值得共同商议北伐的人。宋时烈虽然也高唱“内修外攘”，但认为“内修”是“外攘”的前提。他在《丁酉封事》中指出要北伐首先在于“正君心”，不赞成急进的财政与军事计划。在接受孝宗单独召见时，仍然大谈“格、致、诚、正”才是当务之急，强调“养民足食”；而孝宗则一心“养兵”，将“养兵”与“养民”的协调搁置一边，将来再议，因此君臣二人看似鱼水相得，实则同床异梦。

这次召见不久后的三月二十六日，孝宗梦见金自点提剑闯入寝宫。四月，孝宗的鬓角就长了脓包，不久蔓延脸部，以致不能开眼。顺治十六年（1659年）五月初四日，医官申可贵给孝宗脸部施针灸时不慎扎进血管，血流不止，孝宗随即升遐于昌德宫大造殿，享年四十一岁。死后庙号孝宗，谥号宣文章武神圣显仁大王（后加谥为宣文章武神圣显仁明义正德大王），葬于宁陵。清朝赐谥“忠宣”，朝鲜内部不用。世子李棩继位，是为显宗。

孝宗对朋党之争深恶痛绝，他感叹道：“我国朋党之害久矣！至于他国之人，亦言我国之有朋党，不亦可愧乎？”因而他在位时大力压抑朋党。顺治九年（1652年），他以结党为由流放了赵锡胤、申弘望二人；顺治十二年（1655年）以“朋比无君”为由，拒绝任命洪处尹为议政府舍人，以致推荐洪处尹的三政丞不得不上疏请罪。由于孝宗坚决反对朋党之争，所以他在位时，党争并不严重。

孝宗初年，一度虚心纳谏、广开言路，然而不久就逐渐打压台谏，钳制言路。赵锡胤在顺治八年（1651年）上疏指出孝宗“拒谏之病已痼，少有触忤，辄加摧折，严辞峻批，至有臣子所不忍闻者。以此直气销沮、台阁索然，人之避言地如避荆棘”，即言官只要稍微忤逆孝宗，就会遭到孝宗严厉指责。两年后，孝宗以灾异下教求言，黄海道观察使金弘郁上疏为愍怀嫔伸冤，被孝宗杖杀，以致后来孝宗下教求言时，“大小臣僚绝无进言者”。

孝宗年间，宗主国清朝已经采用了由西洋传教士汤若望所创的《时宪历》。孝宗多次派观象监日官金尚范前往清朝学习《时宪历》，并于顺治十年（1653年）正式通行《时宪历》，直到朝鲜高宗建阳元年（1896年）采用阳历为止。

顺治七年（1650年），领中枢府事金堉请求在平安道地区通用中国铜钱，因为这样既可以满足市场需求，又能节省铸币经费，孝宗采纳，于是金堉将其出使清朝时换来的15万文中国铜钱投入使用。此举为朝鲜王朝正式使用中国铜钱之始。中国铜钱在平安道一带流通效果不错，于是孝宗又在翌年采纳户曹判书元斗杓的建议，向辽东清商追加了130余万文中国铜钱。中国铜钱随即普及于汉城一带，以致影响到原定的用年贡倭铜铸造朝鲜铜钱的计划。然而中国铜钱的广泛使用导致物价上升，反对之声也不断高涨，于是孝宗在顺治十三年（1656年）停止中国铜钱的流通。

孝宗年间继续推行光海君时期创立的代贡收米、按田结算的“大同法”。大同法此前只适用于京畿道、江原道，仁祖曾一度推广到忠清道、全罗道，但遭到当地两班反对而未果。孝宗采纳金堉之建议，于顺治九年（1652年）在忠清道全境、顺治十四年（1657年）在全罗道沿海各邑实行大同法。

孝宗为了扩充财政收入，于顺治八年（1651年）批准实行开放矿山采掘的“设店收税法”，即朝廷在矿产地设置冶炼场（称为“店”），允许民间人士此雇佣工人进行开采和冶炼工作并向朝廷纳税。此举目的在于吸引富商大贾投资开矿，但刚实行时效果不显著，直到三十余年后的朝鲜肃宗年间才开始见效并实行“别将制”（“别将”即各店负责收税者）。

孝宗发现《各司奴婢案》所登载的19万名公奴婢中缴纳身贡的只有27000人，于是在顺治十二年（1655年）正月设立推刷都监，以搜捕逃亡的公奴婢。孝宗向各道派遣御史，在守令的协助下追回奴婢。对于自首的奴婢，免除以前所欠身贡；对于举报奴婢的贪官污吏，则赦免其以前罪行。经过三年的“推奴”政策，共得新旧公奴婢297163人，其中实贡奴婢139298人。

孝宗以“北伐”为国是，全面推进扩军计划。顺治七年（1650年），他任命李时昉为守御使，负责整顿拱卫京畿的守御厅，下设广州（南汉山城）、杨州、竹山、原州四营，以加强京畿地区的防卫力量。顺治九年（1652年）将守御厅下属的牙兵改编为炮手（鸟枪手）和射手。

顺治八年（1651年），孝宗任命李浣为御营大将，负责整顿和扩充中央军御营厅。到第二年，御营军就发展到正军21000人，并且在御营厅设置骑兵及“别破阵”（炮兵）。

顺治十年（1653年），孝宗移拜李浣为训练大将，又对另一支中央军——训练都监进行整顿和扩充。当时训练都监兵约5000人，李浣在一年时间里扩充到7000余人。孝宗还计划将训练都监兵扩充到10000人，不过因财政困难而未能实现。

孝宗对作为国王亲兵的禁军也进行改编，将原有的禁军三卫——内禁卫、兼司仆、羽林卫合并为“内三厅”，设左、右别将以统管，同时将600余名禁军全部改编为骑兵，并计划将禁军扩充到1000人。此举主要是为了牵制和削弱由亲贵大臣统领的另一支国王近卫军——扈卫厅。

对于地方军，孝宗实行仁祖朝有名无实的营将制度，即从中央派遣营将来训练和指挥地方军。顺治十一年（1654年），孝宗接受兵曹判书元斗杓之建议，向忠清道、全罗道、庆尚道派遣营将。北方各道则以守令兼任营将、以免被清朝发现。

顺治十年（1653年），从巴达维亚前往日本长崎的荷兰人哈梅尔一行64人在海上遭遇台风，还剩36人漂流到济州岛。孝宗派遣仁祖朝漂流并归化朝鲜的荷兰人朴燕去济州岛调查，然后送至汉城，孝宗召见了他们，发现其中很多荷兰水手擅长火器，便把他们强行留在朝鲜，编入禁军，为朝鲜的火器开发事业服务。后来他们中有人找到清朝使臣请求带他们离开朝鲜，孝宗通过贿赂清使而掩盖了此事，并将哈梅尔等转移到更偏远的全罗道安置。在哈梅尔等人的协助下，朝鲜于顺治十三年（1656年）研制出新制鸟铳，有人推测可能是燧发枪（哈梅尔一行于显宗年间陆续逃回或被遣返日本）。

孝宗年间，朝鲜还克服了不会操作大炮的短板，于顺治十五年（1658年）创设名为“别破阵”的炮兵部队，共计511人，归御营大将柳赫然掌管，从此朝鲜有了炮兵兵种。

孝宗年间，在表面上仍然履行对清朝的朝贡义务，同时延续仁祖朝惯例，向清朝汇报“倭情”。然而，第一次汇报“倭情”后就引发了顺治七年（1650年）春的“六使诘责事件”，造成朝鲜朝野恐慌，虽然是虚惊一场，但此后朝鲜不再向清朝汇报“倭情”。同时，孝宗还接受清摄政王多尔衮的提亲，将一名远房王族女子封为义顺公主，作为自己的养女嫁给多尔衮，以缓和与清朝的关系。

顺治八年（1651年），随着多尔衮的去世，清朝对朝鲜的干涉大幅减少，使孝宗得以准备北伐事业。后来，由于沙皇俄国殖民者对黑龙江流域的侵略，清朝又于顺治十一年（1654年）和顺治十五年（1658年）两次征调朝鲜炮手（鸟枪手）到清朝境内同与俄国哥萨克作战，孝宗亦服从清朝调遣，先后派边岌率100人和申浏率200人去清朝作战，都得胜凯旋。朝鲜历史上称之为“罗禅征伐”。

孝宗内心对清朝是非常敌视的，他感叹如果不是年年朝贡，朝鲜的财政状况也不会如此糟糕。此外他更是积极酝酿北伐论，计划在自己五十岁前与清朝决战。在对待漂流到朝鲜的汉人（“漂汉”）的问题上，孝宗也尽可能地保护汉人、避免把他们送到清朝。顺治七年（1650年），孝宗曾欲将“漂汉”送入日本，由于领议政李景奭在六使诘责事件期间泄露给清朝使臣，导致“漂汉”被转送入清朝，最后全部处死。顺治十年（1653年），又有一群已剃发的汉人商船漂流到济州岛，领议政郑太和主张依前例送入北京，孝宗虽有不忍，但仍听从郑太和的意见。弘文馆副校理闵鼎重上疏反送清，孝宗以李景奭泄露一事指出：“耽罗漂汉，虽无尔言，予亦恻然。大义不须言，求之人理，实所不忍。前日我国之人不能善处，束缚天朝赤子，投诸虎狼之口，竟至斩杀无遗，予常痛恨。今又以此辈驱送彼中，予岂忍此乎？但念既不能善处，则虽以煦煦少仁，掩置不送，其在国家之计，漏泄之患，亦不可不虑。”闵鼎重又主张将“漂汉”送入济州岛，孝宗则表示以后遇到“漂汉”，不报给地方兵使，而直接密报给备边司，再由朝廷处置，以免泄露之患。以这次事件为契机，孝宗确立了朝鲜王朝对“漂汉”的政策。

孝宗志在北伐满清，为了稳住后方乃至联合日本，采取对日友好的政策，即“孝庙朝有北伐之志，厚待南邻”。顺治十二年（1655年），孝宗派遣赵珩为首的通信使，赴日本祝贺德川家纲袭征夷大将军

实录记载，昭显世子与孝宗在北京期间，清人送给他们金、玉、彩帛，只有孝宗谢绝领受，并请求替换为朝鲜俘虏，受到清人的赞叹。

昭显世子和孝宗在清朝做人质时，他们的表伯具仁垕曾举荐八壮士来保护他们，分别是朴培元、赵壤、申晋翼、张爱声、吴孝诚、金志雄、朴起星、张士敏。孝宗回国时，他的儿子李棩（后来的显宗）不肯坐轿，无论谁背都会哭，唯独吴孝诚背就不哭，于是吴孝诚背着李棩徒步走了几千里，衣背全部腐烂。其后孝宗命令画八壮士像于屏风，其中吴孝诚就是背负李棩的形象。孝宗即位后，仍命八壮士当自己的贴身侍卫，并且子孙世袭。有一天，孝宗在便殿宴请吴孝诚，酒酣后打算召他把臂共语，以示亲昵，吴孝诚顿首谢绝，孝宗大怒，举起长琴砸向他的右臂，导致吴孝诚右臂折了。其后孝宗悔悟，愈发宠爱。

野史记载，孝宗在清朝做人质期间，皇太极召见他和昭显世子时，昭显世子吓得不行，而孝宗则神情自若。后来孝宗回国，多尔衮问他有没有什么要求，孝宗请求归还朝鲜俘虏，多尔衮听从。孝宗下台阶时，先看看地上，然后又回顾殿上再离开。多尔衮左右的人说：“朝鲜王子到处看，肯定不怀好意，请杀了他！”多尔衮笑着说：“我也观察他面相很久了，前面很好，但背面不如前面，他就算想有所作为，也活不了多久了！”果然孝宗还没北伐就死了。

孝宗还是凤林大君时，沉溺美酒，无日不醉，等他当了王世子以后，就戒了酒。顺治十三年（1656年）春，庄烈王后赐酒于孝宗，孝宗不能不喝，由于长时间没喝酒，孝宗喝了后觉得味道很差，就跟苦药一样。

孝宗治家严格。淑徽公主曾请求赐给一件绣裳，孝宗说：“我正统治着这个国家，要率先示范俭朴，怎么能让你穿着绣裳！我死之后，等你母亲当了大妃，你再穿也不迟，人们也不会太过责怪。”还有一次，女婿东平尉郑载仑侍奉孝宗吃午饭，将水浇在米饭里，以致饭多不能吃完，亦受到孝宗责备，而孝宗本人总是将碗里的饭吃得一粒不剩。孝宗有六个女儿，其中一个庶女淑宁翁主常常得不到孝宗的恩赐，仁宣王后看不惯，便掏出自己的私财来赏给淑宁翁主，据说孝宗的用意是让仁宣王后能够施恩于翁主，从而让翁主感戴嫡母。

孝宗在朝鲜国王中以友爱兄弟著称，他自幼读书“见帝王骨肉之变，辄掩卷而叹”，即位后“友爱之笃，处变之善，诚三代以后所未见也”。其中尤其善待两个庶弟崇善君李澂和乐善君李潚，因此孝宗的公主们和宫人都不敢在背后议论崇善君和乐善君。顺治十五年（1658年），济州岛进贡了一匹好马，人们称赞为“龙种”，推测孝宗可能会赐给自己的女婿益平尉洪得箕或东平尉郑载仑，结果孝宗却赐给了崇善君李澂，领议政郑太和（郑载仑之父）称赞“真盛德事也”。显宗继位后，亦遵从父意，厚待崇善君和乐善君。此外，对于自己的侄子（麟坪大君李㴭的几个儿子、昭显世子之子庆安君），孝宗也视如己出，常常召自己的兄弟、侄子、女婿到宫中欢聚一堂，并要求所有王孙、驸马的衣服鞍马必须相同，不得有高下之分，并常常告诫他们“务相爱护，不失和气”。

孝宗亲历明亡清兴，注重吸取明亡的教训，他谈到明朝灭亡时，“慨恨不已”。他说：“以大明之亡观之，崇祯皇帝之事，闻诸华人，则皆曰外无游畋之娱、内无苑囿之乐，凡可以亡国之事，一无有之。而终至于覆亡，盖由明察二字之不能尽其道也。以此论之，诚可惧也。”又说：“崇祯之亡也，朝臣无一人死节，从死者只一内官，良可羞也！予观大明之制，使人执兵而侍，群臣奏事，不合于意则扑杀之，且设东、西厂，以宦官主之，天下事皆由此出，迹其所为，亡国已晩矣！”

顺治十六年（1659年）四月，世子李棩得了疟疾，十多天来无论针灸、药物还是符箓都无效，有人说吓一吓就好了，孝宗便命世子站在澄光楼下，让宫女偷偷带着陶瓮上楼，然后从楼上扔下，然后让几十人拍手跳脚，齐声高喊：“有宫女跳楼死了！”整个王宫为之震动，声音传到很远。有一个金姓老宫女忧心忡忡地说：“我历经四朝，宫中即便出事，也该镇静，现在没事却故意弄成有事的样子，这是不祥之兆啊！”没过多久孝宗暴死，宫中又重演了惊慌的一幕。

孝宗在清朝做人质时，有九个被清朝俘虏的明朝人被安排为他的奴仆，孝宗与他们共谋伐清雪耻，后来回国时将这九人带到朝鲜，史称“九义士”。这九人分别是：

孝宗死后，北伐计划流产，“九义士”后裔充当大报坛守直官，并在京畿道加平郡的朝宗岩建立大统庙，供奉明太祖（后加上神宗、毅宗）及九义士，在朝鲜的尊周思明活动中扮演不可或缺的角色。

除了九义士以外，孝宗还带来了一个叫孟永光（又作孟英光）的中国画师。这名画师是绍兴人，当时也在沈阳，孝宗命他画《勾践栖会稽图》，后来带回朝鲜，成为朝鲜宫廷画师，画了不少屏风，几年后回到中国。

（以上参考资料）

《列圣御制》收录孝宗诗100首、文29篇。其中代表作有《沈阳质居中述怀》二首、《燕京有感》等。

宁陵是朝鲜孝宗和仁宣王后的合葬墓，位于韩国京畿道骊州郡。宁陵为同原上下陵，是在一个山坡上按上下方向修建的陵。宁陵开始位于京畿道九里市东九陵，后在显宗时期迁移到了现在的位置。