朱慈焕生于崇祯九年九月二十七日（1636年10月25日），“生而骨相秀颖，神气粹清，容止可亲，言动不凡”，因此被明思宗疼爱。崇祯十三年（1640年），明思宗听从首辅薛国观之言，索饷于以富裕著称的武清侯李国瑞（孝定太后的侄孙），李国瑞拿不出十万两银子，明思宗怒而夺其爵，李国瑞也忧惧而死。明思宗正准备没收他的家产时，朱慈焕就得了痢疾，病情越来越严重，有一天忽然呼唤“九莲菩萨”（孝定太后的道号），接着指责明思宗薄待外戚，将会让他的儿子全部早死。崇祯十三年（1640年）七月初五日酉时，朱慈焕殇，明思宗十分悲痛，在八月十三日谥为悼灵王，又命在悼灵王前加“孺孝”二字，并加道号“通玄显应真君”。后在礼部的反对下，取消“真君”之号，在崇祯十四年（1641年）正月封为“孺孝通玄显应悼灵王”。与此同时，明思宗恢复了武清侯的爵位，并且不再向李家索饷。崇祯十六年（1643年）二月二十日葬于金山不老林之原。