叛军的动态于1728年三月十四日被奉朝贺崔奎瑞告发于朝廷。此外阳城人金重万也不断上报各地叛军的动向。英祖乃设置鞫厅，并命三军门（训练都监、御营厅、禁卫营）加以扈卫。三月十五日，李麟佐占领清州城。清州的在地士族（本地两班）和军官大量参与，反老论情绪强烈的木川、镇川、忠州等地的士族也群起响应。叛军占领清州城后，杀害了忠清兵使李凤祥（李舜臣五世孙）、营将南延年、军官洪霖，立景宗牌位，传檄邻近各地，声称景宗枉死，英祖非肃宗之子，他们是奉大妃密旨起事，并大肆招兵买马，又分发官厅中的粮食，以褒奖协助者。

清州叛军推李麟佐为大元帅，按事前计划从清州经木川、清安、镇川进军安城、竹山。另一方面，清州失守的消息于三月十八日被报给朝廷，清州牧使朴镗逃走，并向备边司呈送报告。朝廷接到报告后，先任命金重器为讨伐大将，但他犹豫不决，没有出征，于是又任命兵曹判书吴命恒为四路都巡抚使，又以朴缵新为中军，朴文秀为从事官，其后追加赵显命为从事官。

叛军占领了木川和清安地区后，兵分两路，一支向竹山、一支向安城进军。事前获知叛军进击路线的官军方面散布将向稷山进军的假消息，暗中将主力部队移至安城，等待叛军的进入。结果叛军在安城和竹山被官军歼灭，守清州城的申天永也在上党城被朴敏雄等击溃。李麟佐被俘，于三月二十七日被斩于汉城军器寺前路。密丰君李坦当时在汉城，虽未直接参与叛乱，但也被捕，并于一年后被赐死。

在庆尚道，郑希亮以迁移祖母坟墓为名募集士兵。接着在三月二十日，郑希亮与李麟佐的弟弟李熊辅一起在安阴起兵叛乱，占领居昌和安阴，其后在居住陕川的曹圣佐的帮助下占领了陕川。此时居昌县监申正模和安阴县监吴遂郁双双弃城逃跑，庆尚监司黄璿遂以星州牧使李普赫为右防将、草溪郡守郑暘宾为左防将，率领周边官军来讨伐。叛军从居昌经咸阳，试图与李麟佐领导的叛军会师，但失败了。四月初二日，郑希亮、李熊辅等被擒斩。

全罗道地区则是泰安县监朴弼显主导叛乱。朴弼显与制造辛壬狱事的金一镜是生死之交，他的从兄朴弼梦作为引发辛丑换局的“疏下六贼”之一，于1725年正月被流放全罗道茂长，在此期间与朴弼显一起策划叛乱。邻近的潭阳府使沈维贤也参与其中。全罗道叛军于三月十九日以“勤王”为名，征发调度境内的士兵与马匹。三月二十二日，叛军抵达全州三川，全罗监司郑思孝也站在他们一边。但随后郑思孝发现事态不妙，便撕毁同朴弼显的约定，不再联合，叛军中也有不少士兵开小差，于是朴弼梦逃走，在尚州被捕并处斩。朴弼显则经由古阜郡兴德，潜伏竹岛，不久也被捕并处决。

叛乱平息后，英祖命撰《勘乱录》以纪其事，并策吴命恒、朴缵新、朴文秀、李森、赵文命、朴弼健、金重万、李万彬、李遂良、李益馝、金浃、赵显命、李普赫、权喜学、朴东亨为奋武功臣。

李麟佐之乱在此后的各个方面都产生了很大的影响。政治上，影响了党争格局。首先是对负责平乱的当权势力——少论产生了很大的影响。在背后操纵和主导叛乱的朴弼显、沈维贤等都是“急少”（激进少论），而且在他们的招供中出现了很多少论派大臣的名字，这对少论来说是致命的弱点。相反，对于主张对少论“讨逆”的老论来说，则赋予了名分的正当性，使以后的政治立场变得有利。然而，处于有利立场的老论并没有就此执政。主导叛乱的是少论和南人中的一部分势力，老论虽然没有参与，但却免不了引发叛乱的责任。正因为受到老、少论之间党争的影响，少论被逐出政界，成为“废族”，心怀不满，所以成为他们造反的动机。而且英祖通过对造反者的审问，意识到如果一个朋党当权的话就会给王权造成危机，他不想重蹈覆辙。所以这场叛乱最大的赢家是标榜打破朋党、推进老少论之间的调停与并用政策的“荡平派”。“荡平派”在英祖的全力支持下，主导了李麟佐之乱后的政局。

军事上，国王死守都城的“都城守备论”因此抬头，为此整饬都城守备体制，强化国王扈卫，改善禁军待遇，其结果就是设置了“龙虎营”。

李麟佐之乱也在朝鲜王朝后期的民众运动中占据重要地位。以李麟佐之乱为契机，士族阶层从民众运动中脱离并被排除，此后的民众运动发展为“残班”和下层民众一体化来抵抗的成熟阶段。