1995年，克罗地亚国内局势发生重大转折，克凭借较雄厚的经济基础和美、德等西方国家的支持，经过4年多的苦心经营，建立起一支训练有素的军队。于1995年5月和8月，克当局两次采取大规模军事行动，相继收复塞族控制的西区和南北区。

1997年7月，米洛舍维奇因任期到期，无法连任塞尔维亚总统，退而求其次竞选只包括塞尔维亚和黑山的南斯拉夫联盟共和国总统并当选。同年科索沃自治省的叛军“科索沃解放军”成立。他们袭击塞尔维亚和南联盟的保安部队，并杀害塞族官员和他们认定的与塞尔维亚合作的阿尔巴尼亚族和塞族人。

1999年2月6日，在北约的压力下，塞尔维亚和科索沃阿族代表在巴黎附近的朗布依埃举行和平谈判。3月15日复会，阿族代表于18日签署了协议，但塞尔维亚方面仍然拒绝签字。3月19日，北约向南联盟发出最后通牒，3月24日，北约发动了对南联盟的空中打击，科索沃战争爆发。在北约空袭的压力下，经过俄罗斯、芬兰等国的斡旋调停，米洛舍维奇最终妥协，接受朗布依埃森林协议基本内容，同意从科索沃撤军，由联合国接管科索沃，允许多国部队进驻科索沃。

科索沃战争结束后，为了颠覆米洛舍维奇政权，美国中央情报局、英国军情六处等情报机构重新进入南斯拉夫。美国还通过“国家民主基金会”，资助了塞尔维亚反对派大量资金。此后，西方情报部门开始向南联盟投入了大量金钱，扶植反政府势力。在进行政治战的同时，以美国为首的西方国家还强化对南联盟的经济制裁。此外，还以是否支持米洛舍维奇政权为标准，将南斯拉夫企业分别列入黑名单和白名单，上了黑名单的南企业将无法与欧盟国家企业进行业务往来。

由于对这些发生的事情作出错误的判断，米洛舍维奇在2000年7月作出决定：于当年9月24日提前进行南联盟总统大选。9月28日，南联盟选举委员会公布总统选举结果：反对党候选人科什图尼察获得48.96%的选票，米洛舍维奇获得38.62%的选票，因此两周后，将举行第二轮选举。但反对派认为这是米洛舍维奇“政治舞弊”的结果，科什图尼察首轮即以超过52%的选票赢得了大选。于是，反对党号召进行全民抵抗运动。10月5日，反对党组织的大规模冲击议会行动，最终以南特种部队“红色贝雷帽”的倒戈、南军方“不干涉民主化进程”而告结束。米洛舍维奇下台。

2001年4月1日，南斯拉夫政府为了美国5000万美元援助，借以腐败和滥用职权等内政罪名，将米洛舍维奇逮捕入狱。科什图尼察起初保证，逮捕米洛舍维奇是因为他涉嫌违反国内的法律，不会把他引渡到海牙受审。然而仅两个多月后，南联盟的亲西方政府就绕过议会，以政府行政命令的方式将米洛舍维奇移交给海牙国际法院。

2002年2月12日，前南国际刑庭正式开庭审理米洛舍维奇一案。他被指控犯有包括战争罪、反人类罪和种族屠杀罪在内的60多项罪行，指控中包括1992年至1995年波黑战争期间，塞族军队对萨拉热窝的包围；1995年塞军在联合国在斯雷布雷尼察设立的“安全区”内杀害8000名穆族平民。但米洛舍维奇一直否认对他的所有指控，并宣称前南国际刑庭是非法机构。

米洛舍维奇患有严重的高血压和心脏病，数年的牢狱生活，使他的健康状况进一步恶化，因此法庭审判曾多次中断。2006年2月底，前南国际刑庭拒绝了米洛舍维奇提出的去莫斯科治病的要求。

2006年3月11日，米洛舍维奇在荷兰海牙附近的联合国监狱里去世。

1974年宪法修正案给予了塞尔维亚共和国下属的科索沃和伏伊伏丁那两个自治省高度的自治权，而米洛舍维奇在当选后则开始谋求再次修改宪法并大幅削减其自治权。在1989年3月，米洛舍维奇实现了这个目标。

1990年7月，米洛舍维奇为了适应国际大气候的变化，将塞尔维亚共产党改建为社会党。同年年底，他领导塞尔维亚社会党在多党制选举中获得胜利，保住了掌权地位，并出任塞尔维亚共和国总统。在东欧其他各国共产党领导人纷纷倒台下野的动荡岁月里，米洛舍维站稳了脚跟。米洛舍维奇还经受住了东欧剧变、苏联解体、前南斯拉夫分裂、波黑内战等考验。

2001年科索沃战争失败后，反对党力量在不断聚集，米洛舍维奇在不断加强控制，无论大选提前与否，2000年南斯拉夫联盟议会任期届满，必须举行大选。党派斗争越来越激烈。米洛舍维奇为了继续掌握政权，于2001年7月6日提出修改宪法，7月27日宣布将于9月24日提前举行南斯拉夫联盟总统、议会和地方选举。他本想使反对党措手不及，但反对党却在他宣布提前大选之前已经达成了协议，团结一致参加竞选。米洛舍维奇原以为胜券在握，结果却败在了18个小党联合而成的塞尔维亚民主反对派联盟手下。

美国与米洛舍维奇的关系在巴尔干半岛局势发展的不同阶段前后出现较大变化。在结束波黑战争的代顿条约签署前，美国对巴尔干局势基本采取了置身事外的外交姿态，对米洛什维奇的作用没有表现出强烈的重视。1995年，由于米洛舍维奇在代顿条约的签署中表现出灵活性、对谈判免于破裂起了积极的作用，美国转而认为米洛什维奇“是一个可以打交道的对手”。尽管欧洲国家普遍认为代顿条约的和平不是建立在一个公正的基础上的，也没有为大屠杀的受害者伸张正义，但是美国认为它至少实现了停火，因此美国一直保持对米洛什维奇的接触政策，将他视为维持巴尔干稳定的力量，这一政策一直保持到1999年科索沃战争前和平谈判最终破裂、美国决心解决米洛舍维奇政权问题为止。

俄罗斯族和塞尔维亚族同属斯拉夫族，同样信奉东正教，又拥有相似的共产党执政多民族国家联盟的背景，因此俄国一直是米洛舍维奇的主要支持者，对其有重大影响。米洛舍维奇在任内末期还曾支持南联盟议会通过议案申请加入俄罗斯与白俄罗斯的俄白联盟，企图以此换来俄罗斯对南斯拉夫在科索沃战争中的全力支持，共同建立“俄白南”联盟，这一联盟类似于建立一个苏联的联邦制国家。

1999年4月12日，南联盟议会以绝大多数票通过南联盟政府提出的关于南联盟加入俄罗斯和白俄罗斯联盟的建议，集白俄罗斯总统和俄白联盟主席为一身的卢卡申科此时出访贝尔格莱德，米洛舍维奇自北约轰炸以来第一次走出总统官邸亲赴机场迎接并主持欢迎仪式，随后两国总统举行了两个半小时的秘密会谈，之后米洛舍维奇向卢卡申科递交了南联盟加入俄白联盟的正式申请。

米洛舍维奇于1980年代初期首次访问中华人民共和国，当时他任南斯拉夫最大的银行贝尔格莱德银行行长。1997年，应中国国家主席江泽民的邀请，米洛舍维奇再次访问中国。1999年，科索沃战争爆发，以北约为首的多国联军对南联盟发动了非法的军事打击，中国驻贝尔格莱德大使馆被北约军机轰炸，事件导致三名中国公民身亡，多人受伤。在米洛舍维奇的整个总统任期中，中国政府始终给予支持。

米洛舍维奇大力主张与中国展开全面的合作，并将为此提供一切必要的条件。他提到，南斯拉夫准备在贝尔格莱德设立一个“多瑙河开发区”，希望中国积极参与，这于南中双方都有利。总统说，“我们教育我国经济部门的负责人改变观念，不要凡事先想到西方，而要先想到中国”。米洛舍维奇说，中国可与南办合资企业。总统还提到，南科学家在新材料的研究上有突破，很愿意与中国有关方面合作。

在民族问题上，米洛舍维奇一改铁托时代的宽容政策，转而采取了强硬态度。他以反官僚主义为理由逐渐取消了包括黑山、伏伊伏丁那和科索沃的地方选举出的领导人。1989年米洛舍维奇领导的塞尔维亚国民大会修改宪法，1990年米洛舍维奇试图在南共联盟十四大上修宪以赋予总统更大的权力，克罗地亚和斯洛文尼亚的代表退席抗议，造成南共联盟分裂。

米洛舍维奇的民族政策是政策是“全体塞尔维亚人生活在一个统一的国家”，即在那些独立的国家中塞族人要有民族自决权。这一政策导致民族混居的地区产生冲突，被反对者批评为“大塞尔维亚主义”。他的肖像在塞尔维亚被到处悬挂，一时间成为继铁托之后受人民拥戴的英雄领袖。在米洛舍维奇和南斯拉夫人民军的支持下，克罗地亚和波黑的塞族人通过武力手段要求建立塞族自治区，引发克罗地亚战争和波黑战争。战争造成塞尔维亚的经济衰退，再加上北约派出维持和平部队阻止了塞族人的部分种族屠杀，塞族人的自治目的未能达成。在战争中，关于各方对平民进行种族清洗式大屠杀的指控层出不穷。

梅原季哉（日本《朝日新闻》欧洲分社社长）：他的演说并没有口齿伶俐的感觉。再加上米洛舍维奇向下弯的嘴巴和看起来很不愉快的表情，给我的印象就是，他并不是一个依靠个人魅力吸引支持者的人。

菲利普·杜斯特·布拉齐（法国前外交部长）：米洛舍维奇虽然被一些人斥为“巴尔干屠夫”，但很多塞尔维亚族都认为他是一位英雄。他死在了狱中，不仅让审判了他4年，试图给他定罪的人感到受挫，他还通过这种死法对法庭做出了最后一次挑衅。他一直声称塞尔维亚族人在历史上苦难深重，他最后死在监狱中也树立了他的塞尔维亚族受难者的形象，而且被认为宁死也不肯背叛自己的国家。

江亚平 （新华社国际部记者）：有人咒老米为魔鬼，也有人赞他是英雄。是非曲直只有等历史老人将来给予评判。但我以为，假如他是个英雄的话，也是个生不逢时的英雄。他走向权力顶峰之日，正是苏联解体之时，没有了东西方对抗，地处巴尔干要道的南斯拉夫不再是美苏争相拉拢的宠儿，老米是东欧唯一坚持走社会主义道路的领导人，更是成了西方无情打压的目标。南斯拉夫本来就不大，被折腾得四分五裂之后，更是没有同西方叫板的实力。套一句俗话，他像一只老鼠，虽然狡猾而顽强，但终于斗不过西方这只实力强大又欲望十足的猫。所以说，60岁的老米尽管风光一时，荣耀半生，骨子里却是个悲剧性的人物。他在政坛上的崛起是民族悲剧的开始；在失去权力之后，他波澜起伏的一生又以悲剧而告终。

金重远：斯洛博丹·米洛舍维奇是一个颇具争议的人物。有人说他是“巴尔干之鹰”，反对派则称他为“巴尔干屠夫”。米洛舍维奇是位共产主义者，同时又是一位塞尔维亚民族主义者，他都曾为此努力奋斗过。然而，如今巴尔干的共产主义正处于低谷，而塞尔维亚的民族主义也屡屡受挫，这样也就决定了米洛舍维奇必然失败和他悲剧的一生。

米洛舍维奇的父亲是一位东正教牧师，母亲则是一名小学教师，一位忠诚的共产党人。他的妻子马尔科维奇是其中学和大学里的同学，而马尔科维奇的双亲则是颇有声望的共产党人，同是铁托的战友，都曾为反法西斯战争作出过贡献。马尔科维奇和她的家庭对米洛舍维奇产生了很大的影响，还在学校读书的时候，米洛舍维奇便被人称为“小布尔什维克”。

斯洛博丹·米洛舍维奇的父亲祖籍黑山，对神学极感兴趣，一生迷恋于宗教。他的母亲是共产党人，在为革命而战。因此，搞政治的与信奉神学的这两个人之间经常发生口角，而米洛舍维奇所受到的教育就是在这样的气氛中进行的。父亲最终认输了，他放弃了一切，回到老家黑山过起了隐居的生活，后来开枪自杀。再后来，作为将军的叔叔也以同样的方式自杀了。幸运的是，他还有令人崇敬的母亲。在铁托时代，是她说服米洛舍维奇加入了共青团。后来，母亲在自己教书的波扎雷瓦茨学校里自缢身亡。

2006年3月11日，米洛舍维奇被发现死在海牙羁留中心牢房的床上。根据各国通行的刑事诉讼法，犯罪嫌疑人患重病情况下应该保外就医，如果公诉方或法庭认为犯罪嫌疑人社会危害极大不得保外就医，则应该送到监狱医院住院治疗，直到病愈或病死在监狱医院的病床上。但是监狱医生并不认为米洛舍维奇属于患重病。

当日，贝尔格莱德的B92电台报导米洛舍维奇暴亡的消息，并经律师确认属实。米洛舍维奇曾提出到俄罗斯就医，但被法庭拒绝。公开的病历显示，米洛舍维奇患有高血压和心脏病，米洛舍维奇的律师说他生前曾表示担心有人会给他下毒。之前米洛舍维奇体检被发现血液中含有可能阻碍治疗高血压药发生疗效的药物成分。检方有官员认为这可能是本人为达到保外就医而服用的，家人则认为米洛舍维奇被严密看守，亲属家人朋友被迫逃亡或关押，不可能是自己服用药物，而是有人为了尽早结束这场尴尬的审判而故意下毒。律师提出的将尸体送莫斯科解剖的要求被法庭否决。

4月，荷兰海牙地区检察机关公布了对米洛舍维奇死因调查的最终报告。报告排除了米洛舍维奇被毒死的可能，确认其为自然死亡，死因是心肌梗塞。报告称，血样检测结果表明死者的血液里没有毒药或者非医生处方药的迹象。

1995年7月，大约7500名穆斯林男子在波斯尼亚的斯雷布雷尼察被塞族军队屠杀。海牙国际法庭指控米洛舍维奇，以及塞族战时领导人卡拉季奇和军队指挥官姆拉迪奇应对这一事件负责。

米洛舍维奇在海牙法庭上接受审问时否认了这一指控，他说：“法官大人，我认为你很清楚事实，那就是我和所有塞族军队都没有犯下这样的罪行。”而有证人表示米洛舍维奇曾协助卡拉季奇和姆拉迪奇，试图通过驱逐和杀害克罗地亚族和穆斯林平民的手段来扩大塞族军队控制的领土。

南联盟前总统佐兰·利利奇则在海牙前南战犯法庭上作证说，南联盟前总统米洛舍维奇不可能下令制造了斯雷布雷尼察大屠杀。利利奇表示：“我肯定，米洛舍维奇不可能下达那样的屠杀命令，米洛舍维奇无力影响那样的命令。”他还说，米洛舍维奇在听到发生屠杀事件后非常生气，认为这种事件会损害他欲将自己塑造成和平缔造者的努力。

2002年4月10日，海牙法庭宣布了对1995年斯雷布雷尼察惨案的调查结果，称没有证据表明米洛舍维奇该对这场悲剧负责。