1937年3月，从美国讲学归来，回清华大学任教；同年7月6日，被任命为国立厦门大学第一任校长（于7月26日正式上任）。

1945年，卸任国立厦门大学校长。

1945年—1948年，任中央研究院总干事兼物理研究所所长。

1948年，当选为中央研究院院士。

1949年1月31日，在美国加州医院逝世，终年46岁。

截至1992年4月，萨本栋共发表学术论文22篇，出版有《并矢线路分析》《交流电路》（正中书局1948年出版）《交流电机原理》（商务印书馆1949年出版）等专著。

萨本栋从1928年8月到1937年7月在清华大学物理系执教期间，他为国家输送了五十多名毕业生，从1955年到1980年，中国公布的三批280名中国科学院学部委员中，在萨本栋执教清华期间就读于清华大学物理系本科或研究生部的，据不完全统计便有周同庆、王淦昌、王竹溪、何泽慧、钱三强、钱伟长、赵九章、陈芳允、张宗燧、彭桓武、翁文波、傅承义、王大珩、龚祖同、秦馨菱、胡宁、葛庭燧、陆学善等人。

萨本栋用中文编著出版中国高校的物理学教材《普通物理学（上、下册）》（1933年出版）以及配套教材《普通物理学实验》（1936年出版），并编著有《微积分》《交流电路》（厦门大学自行印刷的土纸本）《大学物理》《交流电机》等教材。

萨本栋在清华大学先后为本科学生讲授过《大学普通物理》《应用电学实验》《高等应用算学》等课程，为研究生讲授过《无线电及电学问题》《向量与电路问题》等课程；在厦门大学讲授《电工原理》《交流电路》《交流电机》《无线电工程》《普通物理学》《普通制图学》《机械制图》等课程。

1937年，萨本栋在厦门大学创办了土木工程系（归属于理学院）。1940年，萨本栋又增办了机电工程系，且把理学院扩充成理工学院。1944年，他又筹备航空工程系。

萨本栋在讲授复杂而枯燥的交流电路时，旁征博引，条理分明，把它讲得生动有趣、深入浅出。他以种种物理及电磁现象为例剖析，务求大家融会贯通，让学生们思想跟他打成一片，步步深入向前探索，渐渐进入问题核心，使学生们觉得每一分每一秒都充实而有收获。

萨本栋出生在福建闽侯（今福州市）一个比较富裕的蒙古族家庭中。其先世原籍蒙古，姓答失蛮氏，从元将来到了福建，定居于闽侯，数传至明初，因功赐姓萨。其祖父经营盐业致富，家产鉅万。父名君陆，字幼实，为人谦和，急公好义。萨本栋兄弟二人，兄萨本铁，字必得，号曰杰，后成为有机化学家。

萨本栋的妻子黄淑慎是北京师范大学毕业的，是标枪能手、运动健将，在中学当体育老师。他们有两个儿子，后来都在美国，其中一位叫萨支唐，是中国科学院外籍院士，另一位叫萨支汗。

原来身强体壮、爱好网球的萨本栋，在长汀因为环境困难，工作繁忙，体力透支、脑力透支、“超载运行”，没有几年就重病缠身，严重的关节炎和胃病折磨得他弯腰驼背。

萨本栋是一个著名的物理学家，也是一个杰出的电机工程专家和教育家。他不仅以他的非凡学识、才智为世人所景仰，他的优秀品质、高尚修养、“俯首甘为孺子牛”的服务精神更使人难忘。他发扬光大了陈嘉庚的爱国办学精神。（厦门大学萨本栋微米纳米科学技术研究院评）

萨本栋先生是厦门大学“自强精神”的代表人物，也是一位杰出的科学家和教育家，他的办学思想和成就，为厦门大学乃至中国高等教育的发展留下了一笔宝贵的文化遗产和精神财富。（时任厦门大学党委常委、副校长江云宝评）

厦门大学于图书馆总馆内专门建立“萨本栋纪念图书室”，旨在光大萨本栋前校长与萨支唐教授之科学精神，以及校友关怀母校的情义。

为纪念萨本栋担任校长8年的功绩，厦门大学于1946年设立了“本栋奖学金”，以鼓励学生学习前校长的献身精神，努力钻研、掌握过硬本领以报效祖国。

萨本栋当年的学生为了纪念恩师报效厦门大学，于1998年自动组织“萨本栋教育科研基金会”，在美国俄亥俄州注册为免税公益账户。

为了更好地传承和弘扬以萨本栋为代表的艰苦办学的自强精神，更快地推动厦门大学工科的发展，2001年2月，厦门大学、萨本栋教育科研基金会和厦门市政府共同创建设立萨本栋微机电研究中心——萨本栋微米纳米科学技术研究院的前身。

2022年7月24日，为深切缅怀萨本栋，厦门大学举办“铭记峥嵘岁月 传承自强精神”萨本栋先生诞辰120周年纪念仪式。