该寺始建年代，据寺内碑石及《西安府志》等所载，多为明洪武年间(1368～1398)。重修于成化二年(1466)。成化十八年(1482)奏请改寺名为“敕赐清修寺”。此后历经嘉靖元年(1522)、万历三十四年(1606)和清乾隆三十年(1765)相继修葺扩建，遂成今日之规模。寺内曾设有经文大学，清代以来经学人才辈出，为经堂教育“陕西学派”的中心。

现为全国重点文物保护单位。