历代史学家对“改土归流”的解释并不详细，实际上，“土”指土官，“流”则是明王朝设立的流官，所谓“改土归流”，就是要在少数民族聚集地委派明朝官员，建造兵营，兴办学校，编造户口，使其能和其他当地居民融洽相处。洪武六年（公元1373年），明王朝试图将都掌蛮的“改土归流”作为一个旗帜，在周围地区尚未改革的情况下，便在都掌蛮聚集的珙、筠等地设立官吏，驻扎军队。然而，随着明王朝的当地政策越来越偏袒人口占多数的都掌蛮，派遣到叙州的官员也多是人浮于事的庸碌之辈，在处理民族问题上越发助长了都掌蛮的嚣张气焰，仅仅数十年后，双方便兵戎相见。

景泰元年（公元1450年），高、珙、筠、戎四县的都掌蛮起兵反叛，扬言明朝公差再来寨中征粮，便要报复。其后将进山公差捆绑在树上，乱箭残忍射杀，尔后攻占郡县。

明成化年间的一个早朝上，围绕着都掌蛮是剿是抚的问题，金銮殿又开始了一场激烈的争论。黄明善继而提出一系列强硬的对敌计策：其一，组织当地民壮，他们不仅熟悉地形，且可以充分利用当地其他民族与都掌蛮的矛盾；其二，10月都掌蛮水稻成熟，宜督民先取其田禾，则不出三月蛮人必溃败；其三，分路进发，各个击破，小寨易攻者先取之，则大寨亦从而破；其四，使用毒球行烟药矢，“毒球所薰，口眼出血，行烟所向，咫尺莫辨”。为了激励士兵斗志，黄明善甚至建议，士兵攻打都掌蛮所获财物，可以自行保留，无需上缴。令主剿派欣喜不已的是，这一次，黄明善的上奏终于获得明宪宗的首肯，围剿已成定局，张狂一时的都掌蛮在这次朝会上被敲响了其灭亡的第一声丧钟。

成化元年（公元1465年）三月，都掌蛮诸寨起兵掳掠江安等县，这一次，兵部诏都督芮成征讨，但同时又把设置土官事宜一并交付芮成处理。芮成来到叙州，先向都掌蛮宣布朝廷招抚授官之意，都掌蛮大悦，酋长亲自率领二百余位寨主到叙州府拜见芮成。如若此次招抚成功，都掌蛮或许还能免去灭亡的厄运。然而，主剿派御使汪浩由成都赶至叙州后，事态却急速扭转。汪浩认为这些蛮人寨主畏威不畏德，为以绝后患，于是将前来拜谒的酋长、寨主二百七十余人尽数杀戮。消息传至都掌蛮各寨，都掌蛮群情激愤，誓言报仇。

汪浩使得原本打算归降的都掌蛮坚决反戈，乃至疯狂报复。同年10月，都掌蛮赴贵州诈降，贵州都指挥丁实不知有诈，出城迎接，结果夷伏兵四起，官军大败；11月，都掌蛮又设计诱使汪浩夜行长宁，结果“官军夜行迷道，人马坠溪谷死者不可胜纪”。

战局僵持到1467年，明王朝认为事态严重，“非遣重臣大征不可”，于是诏襄城伯李瑾为征夷将军，领大军入叙州。都掌蛮登高倚险，用标驽垒石与明军周旋，终因寡不敌众，不得不逃入深山避难，明军陆续攻取龙背、豹尾等百余村寨。成化三年，五天之内，明军就放火焚烧756处村寨，缴获米仓3811所，斩首1590人有余，生擒300余人，所获马、牛不计其数。到了第二年，上报到朝廷的战报已增至“斩首3017颗，生擒953人，焚烧村寨1450处，俘获铜鼓63面，所获牛、马、猪、羊、盔甲、标驽、牌刀、旗号、弓箭不计其数”。不过，这个战果显然不能让明王朝满意，明宪宗仍然下旨：“叙贼奔遁山箐者，仍督兵搜剿；其未尽贼徒，尤须督兵设策剿捕，毋俾遗孽复遗民患……”对都掌蛮而言，这道圣谕无异于必杀令。

幸存的都掌蛮盘踞九丝城（今四川兴文县）、凌霄城（今宜宾兴文县），依靠天险与明军周旋。九丝城四面峭仄壁立，险峻不可攀，宋元以来历来为都掌蛮盘踞之地，方圆三十余里仅有一径羊肠小道可出入，都掌蛮却能如履平地，在草丛、荆棘里来回穿梭，人皆莫测其踪。在这里，明军遭遇了都掌蛮最顽强的抵抗。

明万历元年3月，十四万明军在四川总兵刘显率领下再次集结叙州，刘显曾只身与都掌蛮肉搏，诛杀数百人，都掌蛮闻其名丧胆。在刘显指挥下，明军一路高歌猛进，凌霄城、都都寨很快易主。都掌蛮失此二险，只得退守九丝城。明军旋即兵分五路扑向九丝城，不分昼夜攻打，都掌蛮以死相拒。

九月九日是蛮人的“赛神节”， 这天，天降大雨，山路湿滑，都掌蛮酣战方休，认为明军绝不可能来袭，于是在九丝山上杀牛庆祝，尽情痛饮。不意明军乘夜攀岩，杀入九丝城，四处放火，杀声撼天，都掌蛮从睡梦中惊醒，见明军从天而降，无不束手就擒，混乱中，被火烧死、坠落悬崖者不下万人，酋长阿大、阿二、方三皆为明军擒杀。明军缴获铜鼓93面，擒斩4615人，战鼓作为战利品被大量运往京师府库，这种伴随着都掌蛮战斗、祭祀的重器最终随着这个民族的消亡而易主。

捷报上报至京师，兵部仍然下令：对逃遁在深山中的都掌蛮继续剿杀，“铲削祸本，席卷云彻”。经此大劫，幸免于难的都掌蛮只有隐姓埋名，四处流亡。史书并未记载明王朝对都掌蛮的清算到底持续了多久，而自明末清初以后，都掌蛮便再不见于史料记载，显然，作为一个民族，都掌蛮已经在无休无止的战争与围剿中慢慢消失。