丙午年（1126年）五月，仁宗拉拢李资谦的心腹拓俊京清除了李资谦及其党羽；翌年仁宗借巡游西京之际，借助西京两班与僧侣之力又除去了拓俊京。仁州李氏没落后的权力真空令开京与西京两班的矛盾日益激化。

以妙清、郑知常为首的西京两班一度得势。甲寅年（1134年），妙清提议仁宗前往西京避灾，进而提议迁都西京，但却遭到金富轼为代表的开京两班的坚决反对。金富轼针对妙清的阴阳地理说，指出“今夏雷震西京大华宫三十余所，若是吉地，天必不如此，避灾于此，不亦左乎？”进而提出：“况今西成未收，车驾若出，必蹂禾稼，非仁民爱物之意。”在其力谏下，仁宗打消了前往西京的想法。

在西京两班提出的迁都西京、称帝建元、征伐金朝等主张无法得到满足后，乙卯年（1135年）正月，妙清一党聚众叛乱，自称大为国，定年号为天开元年，并组织所谓“天遣忠义军”占领了西京与开京之间的要冲岊岭（慈悲岭）。

成为平叛军元帅的金富轼于出兵之前果断地诛杀了位于开京的西京两班郑知常、金安、白寿翰等人，先斩后奏。事后身着戎服的金富轼于天福殿接受了仁宗亲授的斧钺，取得平叛的专权。

当时将士普遍认为用不了多久就可以奏凯而归，所以军需缁重并未置办妥当便纷纷赶来，恰逢雨雪天气结果人马冻馁军心涣散，在金富轼的及时安抚之下军心才得以安定下来。仁宗命洪彝叙、李仲孚持诏书前往西京，二人心中惧怕，磨蹭了四天好不容易到了生阳驿就再也不肯前行了。金富轼得知后，将洪彝叙囚禁于平州，将李仲孚流放到白翎镇，并于宝山驿阅兵三日，聚众商议平叛事宜。当时众人都说兵贵拙速，应该倍道疾驰攻其不备，只有金富轼提出了不同的看法。他指出西京众人久欲谋反，如今想攻其不备已难以实现，而在将士有轻敌之心且军需不足之时冒然进攻，将会有三不利——可能遇见伏兵、屯兵坚城之下而天寒地冻、两界（指北界和东界）可能有呼应西京之人。不如引军绕道前往敌人背后，沿途获取军资并安抚诸城，一面增补兵力一面休整将士，以大军慢慢缩小包围，而后再传檄西京。

金富轼没有向西京重兵屯守的岊岭进军，而是采用迂回战术，经涟州抵达西京北方的安北大都护府（即安州市），两界之人见大军忽至均惧而出迎，西京被完全孤立。在金富轼大军压城和强大的心理战术之下，西京人杀死妙清等人请罪投降。然而当时留在开京的重臣们却说西京人是因为仁宗的诏谕而投降的，你金富轼身为元帅不直趋西京，领军攀山越岭绕远道去安州，何来功劳？因而没有采纳金富轼善待降将的提议，致使西京人在赵匡领导下再次反叛（赵匡原任西京分司最高官职侍郎）。金富轼派录事李德卿前往劝降，结果和仁宗先前派去的殿中侍御史金阜、内侍黄文裳一样被杀，一直希望能尽可能减少杀戮的金富轼无奈之下只有再度起兵平叛。

面对背山阻水、易守难攻的西京，金富轼一面分兵五路环城列营包围西京（中军屯川德部、左军屯兴福寺、右军屯重兴寺、后军屯守大同江、前军屯重兴寺东），一面安抚四散逃避的百姓。大同江是封锁西京的重要一环，然而上将军李禄千不听劝阻轻敌冒进，因潮退水浅而使战舰搁浅，西京人顺流放下十余艘装满木柴和油的小船，又于江岸设伏弩放火焚舟。这一战使屯守大同江的后军伤亡惨重，金富轼立刻于夜间秘密调派一千士兵增援，次日黎明西京人果然前来偷袭，结果大败而归。如果不是金富轼及时补救，对西京的封锁就可能被打破。这次胜利不仅斩获甚多，也令军心大振。

考虑到春夏之交很可能会涨水，金富轼打算在西京城外修筑小城避水，派遣士兵轮流屯田和休整。众人都说西京人少，我们举国兴师而来，应该指日破敌，如今已经拖延了数月，居然还要筑城自固，这不是示弱吗？ 金富轼答道：“城中兵食有余，人心方固，攻之难克，不如好谋而成，何必疾战，多杀人乎？” 于是环西京修筑小城，对俘虏或投降者一律厚待之，这样一来西京关于被俘或投降者均被处死的谎言就被揭穿了。

此时朝中又有人提出，如今金富轼兴兵数万却担心一时之损而使西京迟迟不能被攻克，万一金朝趁机而动或国内有变岂不麻烦？要求另遣重臣，“不计死伤刻日破贼，敢有逗挠者以军法论”。仁宗将此议下达给金富轼，金富轼上奏：“北边之警，寇贼之变，不可不虞，诚如所议。至于‘不计死伤刻日破贼’，是何不究当今之利害也？臣观西都，天设险固，未易攻拔，况城中甲兵多而守备严。每壮士先登，仅至城下，未有窬城超堞者。云梯冲车，皆无所用，童稚妇女，掷砖投瓦，犹为劲敌。设使五军传城而攻，不出数日，骁将锐士，尽毙于矢石矣。贼知力屈，鼓噪而出，锋不可当。何暇备外虞哉？今联兵数万，弥年不决，老臣当任其咎。然边鄙之警，盗贼之变，不可不虑，故欲以全策胜之，不伤士卒，不挫国威耳。兵固有不期速胜者，今以宗社之灵、明主之威，妖贼负恩，行即殄灭，愿以讨贼付老臣，使得便宜从事，必破贼以报！”从而打消了仁宗的疑虑。

金富轼的消耗战术非常成功，西京粮尽，不得不将老弱妇女全都赶出城，留在城中的士兵也都饥饿难奈，纷纷出降。见时机成熟，金富轼在尹彦颐的建议下，命诸将起土山，“先于杨命浦山上竖栅列营，移前军据之。……十一月诸军就前军屯所起土山，跨杨命浦，抵贼城西南隅，昼夜督役”。金富轼还采纳侨人赵彦的建议，于土山上架设炮机，以巨石、火球令城中之人无法接近修建中的土山。第二年二月，西京人因为金富轼在城外建土山而打算在城内筑重城，金富轼得知后说道：“贼虽筑城何益？”在金富轼的亲自督阵下，西京终于被攻破。金富轼下令：“擒贼者赏，杀降及剽掠者死！”最终赵匡等叛乱者绝望自杀，这场高丽建国以来最大的内乱被彻底平息。仁宗大喜，厚赐金富轼，对其“不顿一戈下全城于反掌”大加赞赏，拜输忠定难靖国功臣、检校太保、守太尉、门下侍中、判尚书吏部事、监修国史、上柱国兼太子太保。三年后“加检校太师、集贤殿大学士、太子太师”，金富轼成为朝中元老，总揽朝政。皇统二年（1142年），在金富轼再三上表请求之下，仁宗允许他致仕，加赐同德赞化功臣号，并下诏说：“卿年虽高，有大议论当与闻。”可见对金富轼的信赖与倚重。

金富轼在告老还乡后的第四年，即皇统五年（1145年）十二月，终于同郑袭明、金孝忠等十人编撰出了使他名留青史的著作《三国史记》，这一年金富轼已年过七旬。高丽毅宗即位后，封金富轼为乐浪郡开国侯，食邑一千户，食实封四百户。天德三年（1151年）二月初七，七十七岁的金富轼离开人世，谥号文烈，追赠中书令，配享仁宗庙庭。

金富轼的弟弟金富仪原名金富辙，跟中国宋朝文学家苏轼、苏辙兄弟名字耦合，据宋朝使者徐兢的私下询问，这确实是金觐仰慕苏轼、苏辙兄弟而为两个儿子取的这个名字。

某年除夕傩礼，宫中所有人打成一片，互相玩乐，时为内侍（国王近侍，非宦官）的金富轼之子金敦中用蜡烛点燃牵龙队正（国王侍卫）郑仲夫的胡须，郑仲夫便揍了他一顿。金富轼偏袒儿子，请求仁宗严惩郑仲夫，仁宗虽然同意，但还是放过了郑仲夫一马。可是郑仲夫的心中却跟金敦中结下梁子，在二三十年后发动武臣政变，在杀死了大量文官的同时杀死金敦中兄弟，报了燃须之仇。

金富轼与郑知常既是政敌，也是“文敌”，据传郑知常曾写下“琳宫梵语罢，天色净琉璃”之句，金富轼非常喜欢，求郑知常将这两句送给他，变成自己名下的诗句，被郑知常拒绝了。妙清之乱爆发时，郑知常被金富轼杀死，变成了阴鬼。有一天金富轼作诗讴歌春景，写下“柳色千丝绿，桃花万点红”两句，已化为厉鬼的郑知常突然出现，扇了金富轼一耳光，说：“千丝万点，谁会去数？怎么不说‘柳色丝丝绿，桃花点点红’呢？”郑知常走后，金富轼留下了心理阴影，后来他又去一所寺庙，在如厕时郑知常从后面捏住金富轼的阴囊，问：“不饮酒，何面红？”金富轼慢慢说道：“隔岸丹枫照面红。”郑知常捏的更紧，问：“何物皮囊子？”金富轼说：“汝父囊铁乎？”仍不变色。郑知常更用力地捏金富轼的阴囊，最后金富轼就死在这个厕所里。

《三国史记》是金富轼奉高丽仁宗之命于皇统五年（1145年）十二月修成的史书，它模仿中国纪传体史书，是朝鲜半岛历史上第一部正式刊行的“正史”，也是朝鲜半岛现存的最早史书。也是究竟是从哪一年开始修撰的还不得而知，大多数学者认为应该在仁宗朝（1122—1146年）的中晚期。金富轼为了这本著作倾注了多年心血，在编撰过程中，所参考的主要史料就有数十种之多。《三国史记》较为详尽、系统地记载了新罗992年（公元前57—公元935年）、高句丽705年（公元前37—公元668年）、百济678年（公元前18—公元660年）争雄朝鲜半岛的历史。据宋代王应麟的《玉海》记载，《三国史记》在问世二十五年后就传入中国，并被藏于秘阁，可见受重视的程度。

金富轼除编撰《三国史记》外，还负责编修《睿宗实录》、《仁宗实录》，并著有二十余卷诗文集，但其文集已亡佚，只有若干篇诗文被收录于《东文选》中。

金富轼是高丽王朝一等一的名臣，不仅以平定妙清之乱闻名，也因撰写朝鲜半岛历史上现存第一部史籍《三国史记》而名垂后世。宋朝使节徐兢对他的印象是：“富轼丰貌硕体，面黑目露，然博学强识，善属文，知古今，为其学士所信服，无能出其右者。”后世对金富轼的评价以正面为主，如一部在韩国相当流行的历史科普书籍中对金富轼的评价是：“金富轼是高丽中期最厉害的文章家之一，其名字在中国都广为人知，他既是学问高深、人品磊落的儒学者，又镇压了妙清之乱，如今我们还记得他名字的最重要理由是因为他是编著《三国史记》的人。当然金富轼的《三国史记》在有些地方受到批判，比如他的祖上是新罗人，所以对新罗的评价要好于高句丽、百济；记录百姓生活的传说或口语故事没被载入；有的部分是站在中国的立场来看待我国的历史，等等。但《三国史记》是将我国古代历史流传下来的的珍贵资料，而且显然是写作水平非常高的书，正因为有了金富轼这样一位卓越的文章家和学者而使其成为可能的事。”韩国政府则将金富轼指定为2001年1月应予纪念的文化人物。

朝鲜半岛的激进民族主义者偏向否定金富轼。申采浩对金富轼的批评最具代表性，在他眼中的金富轼几乎无异于朝鲜民族的千古罪人。对于金富轼平定妙清之乱，申采浩认为这是“朝鲜历史上一千年来第一大事件”。他将金富轼视为尊崇儒家、主张事大的“华风派”（汉学派）代表、将妙清和尹彦颐视为尊崇“郎”、佛两家、主张独立的“国风派”代表，金富轼平定西京叛乱标志着独立的、进取的朝鲜民族精神（“郎家”思想）被依赖的、保守的性格所取代，是朝鲜彻底沦为事大主义奴隶的起点。就编撰《三国史记》一书而言，申采浩并不认为是金富轼的功绩，反而对其横加指责，他质疑金富轼是否具有历史学家的资格，表示：“金文烈全无史识与史才，亦不知地理何如，不知史例何如，不知自国之可尊，不知英雄之可贵，只是收集诞妄卑劣、断烂无稽之谈合而为书，美其名曰《三国史》。史乎史乎，此等史亦史乎？”又说：“彼金氏诸人，撰出《三国事迹》（三国史记），赞美卑劣之政策，摧折强劲之武气。新罗文武王击破唐兵而统一本国之功，贬以以小敌大；隋唐巨寇怀抱野心而侵犯高句丽之事，尊为中朝动兵。嗟彼拜外之僻见者，彼抹杀独立精神者也，此乃历史家之罪人也！”

朝鲜前领导人金正日认为：“首次把三国历史加以系统化、成文化的人是金富轼。他是新罗王族后孙。他为了夸耀自己家门——新罗王室的业绩，编纂了《三国史记》。他站在依靠外来势力把同族国家灭亡的事大主义集团——新罗统治集团的立场。结果，朝鲜中世纪历史被金富轼歪曲了。”韩国前领导人朴正熙受到申采浩的影响，亦对金富轼采取负面评价，他直斥金富轼“奴颜婢膝”，并说：“金富轼对毁灭我国古代史负有责任，特别是毁灭高句丽的勇士精神和新罗的‘花郎’精神，从而损害了他被称为最古老的人民历史记述者的荣誉。”