朴元宗的家族在高丽王朝末年开始发迹，曾祖朴锡命支持朝鲜太宗夺位，策佐命功臣，官至知议政府事。他的祖父朴去疏官至副知敦宁府事。父亲朴仲善是昭宪王后的外甥，身兼敌忾（平李施爱之乱）、翊戴（拥立朝鲜睿宗）、佐理（拥立朝鲜成宗）三大功臣，官至判中枢府事，封平阳君。母亲是行护军许稛之女。

史书记载朴元宗“美风姿”，他出身功臣之家，但自少年时代就“落拓不羁，出入屠肆，学射御”，后凭门荫补任护军，1486年升宣传官。同年武科及第，受到朝鲜成宗特别关心。1492年擢为承政院同副承旨。司宪府以其年轻并且不得授予武科出身者东班三品以上官职为由提出异议，拒绝在告身上署经，成宗遂改任他为工曹参议。司宪府再次反对，遂被任命为兵曹参知。

其后因燕山君的特命，拜为同副承旨，历任右副承旨、右承旨、左承旨。曾针对财政等问题上过“时务策”。后来逐渐被燕山君所厌弃，于1500年左迁平安道兵马节度使，但不久又历任同知中枢府事、汉城府右尹。1502年封平城君。后历任江原道观察使、同知义禁府事，1506年任京畿道观察使，因受燕山君厌恶而辞职。